Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики

1. С помощью babel сделали pdb файл этана et.pdb
2. C помощью скрипта Ante_RED.pl подготовили pdb файл: Mol_red1.p2n
3. Запустили RED: Mol_m1-o1.mol2
4. Создали файл описания молекул в формате пакета программ GROMACS: et.top
5. Моделирование испарения этана.
Нам нужно провести короткое моделирование в жидой и газовой фазах и определить разницу в энергии VdW взаимодействий между этими системами.
Затем сравнить эту разницу с энтальпией испарения этана. При Т=25 это значение равно 5.4 кДж/моль.
epsilon для водорода нам не известна, поэтому создадим 7 топологий с разными значениями epsilon. Для этого используем скрипт:

скрипт

газовая фаза                                жидкая фаза 
epsilon	      LJ 	  Coulomb 	     LJ 	 Coulomb 	 Энтальпия 
1,0	   -0,000236449	3,69764e-05	 -247,817	0,00192316	 247,8
0,125	   -0,000157985	3,69529e-05	 -26,5746	0,000238152	 26,6
0,03703   -0,000139815	3,69735e-05	 -4,931675	0,000182078	 4,9
0,01562   -0,000134519	3,69783e-05	 -3,20117	0,000133985	 3,2
0,008	   -0,000130581	3,69841e-05	 -2,26543	0,000184622	 2,3
0,00462   -0,000128495	3,69945e-05	 -2,17784	0,000200743	 2,2
0,00291   -0,000127071	3,69938e-05	 -2,60574	0,000106203	 2,6

Судя по таблице, VdW взаимодействия вносят более значительный вклад, чем кулоновские взаимодействия.
При эпсилон около 0.037-0.04 энтальпия будет наиболее близка к энтальпии испарения этана © Garanina Irina