Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS



1. Подготовка файлов



Индексный файл с одной молекулой этана 1.ndx
Создадим gro файл и зададим ячейку et.gro
скрипт

2. Анализ в PyMol



1. Метод Берендсена - этан вращается вокруг центральной сс сязи, немного меняются угла и длины связей
2. Метод "Velocity rescale" - тоже вращается и изменяются все углы
3. Метод Нуза-Хувера - молекула вращается, но меняются только углы, которые за конформацию отвечают
4. Метод Андерсена - молекула не вращается, немного дергаются атомы, конформации, длины свзей и углы практически не изменяются
5. Метод стохастической молекулярной динамики - молекула беспорядочно перещается по всему экрану, при этом изменяются длины свзей и углы

Кинетическая и потенциальная энергии. Длина сс связи.


Алгоритм
PDB
Наблюдения
Зависимость энергии
Зависимость длины связи
метод Берендсена et_be.pdb

метод "Velocity rescale" et_vr.pdb

метод Нуза-Хувера et_nh.pdb

метод Андерсена et_an.pdb

метод стохастической молекулярной динамики et_sd.pdb

Распределение Больцмана


На Распределение Больцмана вообще не похожи графики распределения длины сс связи, построенные по методам андерсена и Беренсдена, а наиболее близкими к Больцману, мне кажется, графики стохастической молекулярной динамики и метод "Velocity rescale". В методе стохастической молекулярной динамики молекула движется слишком уж беспорядочно, поэтому мне кажется, что лучше использовать "Velocity rescale" для контроля температур. © Garanina Irina