Моделирование перехода ДНК из А формы в В.

1. Создали вдуцепочечнуб ДНК А формы GATCTA

2. В силовом поле amber99sb построим файл координатами GROMACS
3. сделали отступ в ячейке для ДНК.
4. Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты в молекуле.
максимальная сила увеличилась: 6.3178082e+02 была, стала 2.16189e+03
Добавим в ячейку молекулы воды
Нейтрализуем заряд системы. Это делаем в два шага: строим tpr и запускаем genion. В выводе grompp обратите внимание на информацию о заряде системы. заряд -9.99999
Проведём "утряску" воды
запустили моделирование © Garanina Irina