множественное выравнивание последовательностей

1.Muscle и GeneDoc

Изображено множественное выравнивание малых дельта-антигенов. Получено с помощью программы Muscle
и импортировано в GeneDoc. Темный цвет означает что АК из одной группы одинаковы, розовый
означает что почти все одинаковы(70%), но есть буквы из других групп, желтый означает что
на этом месте у большей части одинаковые буквы, но у некоторых есть и другие из разных групп(40%).
(видимо, больше 4х разных это желтый, меньше - это розовый)
Звездочки обозначают десятки, большие буквы - колонку из одинаковых букв, маленькие - из
большинства одинаковых и нескольких букв другой группы, цифры - из большинства одинаковых и нескольких
букв той же группы.

Набор:
1. Bacillus subtilis
Bacteria; Firmicutes; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus
RBGA_BACSU

2. Saccharomyces cerevisiae
Eukaryota; Fungi; Dikarya; Ascomycota; Saccharomycotina;
NUG1_YEAST

3. Mus musculus
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;Mammalia;
MTG1_MOUSE

4. Mycoplasma genitalium
Bacteria; Tenericutes; Mollicutes; Mycoplasmataceae; Mycoplasma
RBGA_MYCGE

5. Schizosaccharomyces pombe
Eukaryota; Fungi; Dikarya; Ascomycota; Taphrinomycotina
MTG1_SCHPO

6. Methanocaldococcus jannaschii
Archaea; Euryarchaeota; Methanococci; Methanococcales
Y1464_METJA

В выравнивании представлено немного консервативных участков.

участок	RBGA_BASCU	NUG1_YEAST	MTG1_MOUSE	RBGA_MYCGE	MTG1_SCHPO	Y1464_METJA	комментарий
1	38-40	6-8	9-11	17	29	3-5	скорей всего случайное совпадение
2	54-64	15-17	12-23	18-29	30-41	6-17	вряд ли несет биологический смысл
3	177-200	20-48	26-50	32-60	45-72	21-48	скорей всего несет биологическую функцию
4	206-217	53-64	57-69	63-75	75-87	51-63	много темных полос(100% совпадения), значит функционально важный участок
5	283-300	113-130	119-136	148-165	145-162	125-140	биологически важный участок
6	318-340	143-165	149-171	183-208	180-205	153-175	биологически важный участок, но не весь, после 3 АК идет достаточно вариабельный участок до 7 с конца АК, это может быть петля
7	358-370	174-185	185-196	222-233	219-230	189-200	возможно имеет биологический смысл

другие участки я так подробно описывать не буду, так как они скорей всего не содержат биологического смысла

Встречается только 6, 3 и 5 групы, причем 6 практически во всех консервативных участках.При добавлении новой группы ничего не изменилось

Выравнивание в masst:

Выравнивание в mafft отличается от muscle количеством консервативных областей, их немного поменше, но в них болшее количество
идентичных аминокислот, стало больше 6 групп, появилась одна 4 и 1 группы, появилась 7 группа из аспартата и глутамата