Семейства белков. Pfam, Interpro

Доменная структура белка RBGA_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
(по-русски! и желательно с кратким пояснением)		 Положение в последовательности белка RBGA_BACSU Клан
1. PF01926 MMR_HSR1 этот домен выполняет какую то неизвестную ГТФазную функцию 132–226 Клан ААА(CL0023), содержит 157 семейства, эти семейства белков выполняют шапероноподобную функцию,
участвуя в сборке белковых комплексов.
в этом клане 646163 доменов, он был построен DJ Studholme


Домен MMR_HSR1 входит в 71 архитектуру.
Последовательность известна для 20586 белков.
Пространственная структура определена для 64 белков,содержащих домен.
Выравнивание "seed" фрагментов белков
.

Представленность домена PF08673

Таксон
Количество белков с доменом PF08673.
Эукариоты Зеленые растения 0
Грибы 0
Животные 0
Остальные эукариоты 0
Археи 0
Бактерии 120
Вирусы 0

Домен PF07228 широко распространен у различных групп организмов, в основном у бактерий, не встречается только у вирусов, в то время как домен PF08673 имеется только у сравнительно небольшого числа бактерий.

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1. SpoIIE 4
2. RsbU_N 1

У Bacillus subtilis данные домены встречаются довольно редко, белков с точно такой же доменной организацией, что и заданный белок, нет.

Примеры разных доменных перестроек

Домен PF07228 (SpoIIE) часто встречается на С-конце белков, но первая по встречаемости архитектурная перестройка состоит только из этого домена.

RSBX_BACSU:

A8DJG8_9BACT:

Домен PF08673 (RsbU_N) встречается только на N-конце, но также была найдена одна архитектурная перестройка, содержащая только этот домен.

C6CWC8_PAESJ:

Q2FWJ0_STAA8:

© Garanina Irina