Выравнивание последовательностей
1.
| seq1 | K | P | R | I | M | L | L | N | K | A | D | K | A | D | A | – | A | V | T | Q | Q
|
| seq2 | K | P | V | R | R | G | M | L | L | A | P | A | D | E | A | P | A | V | T | Q | Q
|
| Вес | 5 | 7 | -3 | -3 | -1 | -4 | 2 | -3 | -2 | 4 | -1 | -1 | -2 | 2 | 4 | -12 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5
|
Вес выравнивания 13
2.
10 20
seq1 KP--RIMLLNKADKADAAVTQQ
:: : ::: ::.: : ::::
seq2 KPVRRGMLLAPADEAPA-VTQQ
10 20
Score 34
Выравнивание, сделанное мной и stretcher отличаются расположением и количеством гепов,
вес тоже отличается больше чем в 2 раза
Полное выравнивание в needle
Score 167.5
seq1 0 -------------------------------------------------- 0
DER_POLSJ 1 MKPVIALVGRPNVGKSTIFNRLTKTRDAIVADFAGLTRDRHYGNGKLGSH 50
seq1 1 ------------MTIQWFPGHMAKARREVTEKLKLIDIVYELVDARIPMS 38
.........|||..|:...: .|:|..:||||..:|
DER_POLSJ 51 EYIVIDTGGFEPDAASGIYKEMAKQTRQAVAE---ADVVIFVVDARAGIS 97
seq1 39 SRNPMIEDILK--NKPRIMLLNKADKADAAVTQQWKEHFENQGIRSLSIN 86
:::..|.:.|: .||.::..|||:.....| |:.|.||......|.::
DER_POLSJ 98 AQDHDIANFLRKLGKPTVLTANKAEGMTEGV--QFSEFFELGLGEVLPVS 145
seq1 87 SVNGQGLNQIVPASKEILQEKFDRMRAKGVKPRAIRALIIGIPNVGKSTL 136
:.:|||:..:|..:...|........|:...|..||..:.|.||||||||
DER_POLSJ 146 ASHGQGMRSLVDLALAPLHLADPDEEAEPQDPSVIRLAVAGRPNVGKSTL 195
seq1 137 INRLAKKNIAKTGDRPGIT---TSQQWVKVGKELELLDTPGI-------- 175
||....:....:.|.||.| .|..:.:.|::.||:||.|:
DER_POLSJ 196 INTWLGEERLVSFDLPGTTRDAISVPFERAGQKFELIDTAGLRRKGKVFE 245
seq1 176 LWPKFE----------DELVGLRLAVTGAIKDSIINLQDVAVFG------ 209
...||. ..:|.|.|..|..:.| ||..:.|
DER_POLSJ 246 AIEKFSVVKTLQAIEGANVVLLLLDATQGVTD-----QDAHIAGYILESG 290
seq1 210 -------------------------------LRFLEEHYPERLKERYGLD 228
|:|...|....:| |.||.
DER_POLSJ 291 RAVVLAINKWDAVDAYQRETLERSIETRLAFLKFASIHKISAIK-RQGLA 339
seq1 229 EIPEDIAELFDAIGEKRGCLMSGGLINYDKTTEVIIRDIRTEKFGRLSFE 278
.:.:.|.:...:...| ||..:: |.:::..::.::..|....
DER_POLSJ 340 PVWKSIVQAHASANRK----MSTPVL-----TRLLLEAVQFQQPQRSGMF 380
seq1 279 QPTM---------------------------------------------- 282
:|.|
DER_POLSJ 381 RPKMRYAHQGGMNPPIIIIHGNSLEHVTEAYKRYLEGRFRKEFDLVGTPM 430
seq1 282 ----------------- 282
DER_POLSJ 431 RIQMKSSHNPFTDKDSA 447
Выравнивание в water
Score 182
seq1 10 MAKARREVTEKLKLIDIVYELVDARIPMSSRNPMIEDILK--NKPRIMLL 57
|||..|:...: .|:|..:||||..:|:::..|.:.|: .||.::..
DER_POLSJ 72 MAKQTRQAVAE---ADVVIFVVDARAGISAQDHDIANFLRKLGKPTVLTA 118
seq1 58 NKADKADAAVTQQWKEHFENQGIRSLSINSVNGQGLNQIVPASKEILQEK 107
|||:.....| |:.|.||......|.:::.:|||:..:|..:...|...
DER_POLSJ 119 NKAEGMTEGV--QFSEFFELGLGEVLPVSASHGQGMRSLVDLALAPLHLA 166
seq1 108 FDRMRAKGVKPRAIRALIIGIPNVGKSTLINRLAKKNIAKTGDRPGIT-- 155
.....|:...|..||..:.|.||||||||||....:....:.|.||.|
DER_POLSJ 167 DPDEEAEPQDPSVIRLAVAGRPNVGKSTLINTWLGEERLVSFDLPGTTRD 216
seq1 156 -TSQQWVKVGKELELLDTPGI 175
.|..:.:.|::.||:||.|:
DER_POLSJ 217 AISVPFERAGQKFELIDTAGL 237
В частичное выравние вошли части RBGA:
10-17
DER: 72-237
Участок глобального выравнивания и частичное полностью совпали.
больший вес имеет локальное выравнивание. Вес глобального выравнивания может быть
больше веса локального, если например концы последовательностей одинаковые