Выравнивание последовательностей

	поиск по Swiss-Prot	PDB	"nr">
1. Лучшая находка (должна соответствовать моему белку)
Accession	O31743.1	1PUJ_A	NP_389487.1
E-value	3e-163	3e-138	6e-162
Вес в битах	574	486	574
процент идентичности	100	100	100
2. Сколько хороших кандидатов найдено в гомологии? (число находок в списке описаний с E-value<1e-10	35	2	154
3. Худшая из удолетворительных находок(последняя в выдаче с E-value<1)
Номер находки в списке описаний	1565	53	8168
Accession	Q1LTV8.1	3IZY_P	46631
E-value	0.99	0.87	0.99
Вес в битах	34.3	30	26
%идентичности	34	34	35
%сходства	59	54	64
длина выравнивания	89	59	88
Координаты выравнивания	Query:120-175, 99-111, 216-236 Sbjct:218-276, 441-453, 404-424	Query:118-174 Sbjct:2-61	Query:125-175, 25-61 Sbjct:229-282, 305-341
число гепов	3	0	3

Комментарии к таблице:

Исходный белок нашла в PDB , "nr" и Swissprot
число явных гомологов отличается в разных БД, так как в них разное количество белков
находок более 10 000 в "nr" и E-value последней 5.6 и их количество ограничено предельным размером выдачи
а в PDB находок меньше 100 и E-value последней 7.0, то есть количество находок ограничено размером БД

2.
гомолог найден при первом же запросе у эукариот
AC Q4PS77.2 MTG1_BOVIN
Score 158 bits
E-value 1e-38
Процент идентичности 35
Процент сходства 57
12 гэпов

3.
Выравнивание, выданое бластом

Query  4    QWFPGHMAKARREVTEKLKLIDIVYELVDARIPMSSRNPMIEDILKNKPRIMLLNKADKA  63
            +WFPGHMAK  +++   L+L+D + E+ DA+IP+S RNP+ ++ L  KP +++LNK D A
Sbjct  29   RWFPGHMAKGLKKMQSSLRLVDCIIEVHDAQIPLSGRNPLFQETLGLKPHLLVLNKMDLA  88

Query  64   DAAVTQQWKEHFENQGIRSLSI-NSVNGQGLNQIVPASKEILQEKFDRMRAKGVKPRAIR  122
            D    Q+  +H E +GI+ +   N V  + + Q++P   E++   +   R + V+     
Sbjct  89   DLKEQQKIIQHLEREGIKHVVFTNCVKDENVKQVIPTVTELVGSSYRYHRGEHVE---YC  145

Query  123  ALIIGIPNVGKSTLINRLAKKNIAK-----TGDRPGITTS-QQWVKVGKE--LELLDTPG  174
             ++IG+PNVGKS+LIN L ++++ K      G  PGIT +    ++V +   + LLDTPG
Sbjct  146  IMVIGVPNVGKSSLINSLRRQHLRKGKATRVGGEPGITRAVMSRIQVCERPLMFLLDTPG  205

Query  175  ILWPKFEDELVGLRLAVTGAIKDSIINLQDVAVFGLRFLEEHYPERLKERYGLDEIPEDI  234
            +L P+      GL+LA+ G + D ++  + +A F L  L  H      + YGL E  +DI
Sbjct  206  VLAPRIPSVETGLKLALCGTVLDHLVGEETLADFLLYTLNRHQLSGYVQHYGLGEACDDI  265

Query  235  AELFDAIGEK  244
            A +   +  K
Sbjct  266  ASVLKRVAVK  275

	needle	water	blastp
Вес	384	392	400
Длина	353	250	275
Координаты	1-282 1-332	4-244 29-275	4-244 29-275
идентичность	28.1%	34.8%	35%
сходство	47.2%	57.2%	57%

Выравнивание needle

                                                                                
seq1               1 -------------------------MTIQWFPGHMAKARREVTEKLKLID     25  
                                              ...:||||||||..:::...|:|:|         
MTG1_BOVIN         1 MRLSPRSLCAAVRAAWRESFPLEGRDVARWFPGHMAKGLKKMQSSLRLVD     50  
                                                                                
seq1              26 IVYELVDARIPMSSRNPMIEDILKNKPRIMLLNKADKADAAVTQQWKEHF     75  
                     .:.|:.||:||:|.|||:.::.|..||.:::|||.|.||....|:..:|.         
MTG1_BOVIN        51 CIIEVHDAQIPLSGRNPLFQETLGLKPHLLVLNKMDLADLKEQQKIIQHL    100  
                                                                                
seq1              76 ENQGIRSLSI-NSVNGQGLNQIVPASKEILQEKFDRMRAKGVKPRAIRAL    124  
                     |.:||:.:.. |.|..:.:.|::|...|::...:...|.:.|:   ...:         
MTG1_BOVIN       101 EREGIKHVVFTNCVKDENVKQVIPTVTELVGSSYRYHRGEHVE---YCIM    147  
                                                                                
seq1             125 IIGIPNVGKSTLINRLAKKNIAK-----TGDRPGITTS-QQWVKVGKE--    166  
                     :||:||||||:|||.|.::::.|     .|..||||.: ...::|.:.           
MTG1_BOVIN       148 VIGVPNVGKSSLINSLRRQHLRKGKATRVGGEPGITRAVMSRIQVCERPL    197  
                                                                                
seq1             167 LELLDTPGILWPKFEDELVGLRLAVTGAIKDSIINLQDVAVFGLRFLEEH    216  
                     :.||||||:|.|:......||:||:.|.:.|.::..:.:|.|.|..|..|         
MTG1_BOVIN       198 MFLLDTPGVLAPRIPSVETGLKLALCGTVLDHLVGEETLADFLLYTLNRH    247  
                                                                                
seq1             217 YPERLKERYGLDEIPEDIAELFDAIG------EKRGCLMSGGLIN-----    255  
                     ......:.|||.|..:|||.:...:.      :|...|...|.:|              
MTG1_BOVIN       248 QLSGYVQHYGLGEACDDIASVLKRVAVKLRKTQKVKVLTGTGNVNVIQPD    297  
                                                                                
seq1             256 YDKTTEVIIRDIRTEKFGRLSFEQPTM--------    282                 
                     |.......:|..|:...|.:..::..:                                
MTG1_BOVIN       298 YPAAARDFLRAFRSGLLGPVMLDRDLLQGRSAEES    332

Выравнивание в water

                                                                                                                                                                
seq1               4 QWFPGHMAKARREVTEKLKLIDIVYELVDARIPMSSRNPMIEDILKNKPR     53  
                     :||||||||..:::...|:|:|.:.|:.||:||:|.|||:.::.|..||.         
MTG1_BOVIN        29 RWFPGHMAKGLKKMQSSLRLVDCIIEVHDAQIPLSGRNPLFQETLGLKPH     78  
                                                                                
seq1              54 IMLLNKADKADAAVTQQWKEHFENQGIRSLSI-NSVNGQGLNQIVPASKE    102  
                     :::|||.|.||....|:..:|.|.:||:.:.. |.|..:.:.|::|...|         
MTG1_BOVIN        79 LLVLNKMDLADLKEQQKIIQHLEREGIKHVVFTNCVKDENVKQVIPTVTE    128  
                                                                                
seq1             103 ILQEKFDRMRAKGVKPRAIRALIIGIPNVGKSTLINRLAKKNIAK-----    147  
                     ::...:...|.:.|:   ...::||:||||||:|||.|.::::.|              
MTG1_BOVIN       129 LVGSSYRYHRGEHVE---YCIMVIGVPNVGKSSLINSLRRQHLRKGKATR    175  
                                                                                
seq1             148 TGDRPGITTS-QQWVKVGKE--LELLDTPGILWPKFEDELVGLRLAVTGA    194  
                     .|..||||.: ...::|.:.  :.||||||:|.|:......||:||:.|.         
MTG1_BOVIN       176 VGGEPGITRAVMSRIQVCERPLMFLLDTPGVLAPRIPSVETGLKLALCGT    225  
                                                                                
seq1             195 IKDSIINLQDVAVFGLRFLEEHYPERLKERYGLDEIPEDIAELFDAIGEK    244  
                     :.|.::..:.:|.|.|..|..|......:.|||.|..:|||.:...:..|         
MTG1_BOVIN       226 VLDHLVGEETLADFLLYTLNRHQLSGYVQHYGLGEACDDIASVLKRVAVK    275

В полном выравнивании гораздо больше гепов, не считая хвоста в начале, поэтому
у него самый меньший вес, а различие в весе water и бласта обусловлены разной расстановкой
гэпов, несмотря на одинаковый кусок, которые выравнивался.

Дополнительные задания

Я поменяла в настройках матрицу BLOSUM62 на BLOSUM80 и поиcкала гомологов среди эукариот
самая первая находка не изменилась, но некоторые ее параметры отличаются от первого запроса

	BLOSUM62	BLOSUM80
вес в битах	158	168
E-value	1e-38	4e-41
процент сходства	56	57