Предсказание топологии мембранного белка ADT_CHLKE.

Белок для исследования: ADT_CHLKE с номером P31692

Белок - прототип: ADT1_BOVIN с номером P02722 и PDB: 1okc

Оба белка принадлежат к митохондриальным АДФ/АТФ переносчикам.

Обе последовательности белков были получены из БД SWISS_Prot.

Последовательности были выравнены программой needle.

Результаты: Score: 977.0; Identity:56.7%.

Идентичность не очень высокая, что странно для данных белков. И в реальных,
а не в учебных целях, результатам следующих исследований не стоило бы доверять.

Предсказание топологии почти вручную.

Для этого был построен профиль гидрофобности с помощью программы pepwindow пакета EMBOSS.
По полученным данным был построен профиль гидрофобности с помощью Excel.

График и таблицу "Топология белка ADT_CHLKE" можно посмотреть здесь

C помощью программы GeneDoc были отмечены положения трансмембранных сегментов в последовательности.

Файл с разметкой можно увидеть здесь

Предсказание топологии с помощью наиболее популярной программы.

Предсказание топологии заданного белка также было сделанно с помощью сервера TMHMM.

Результаты предсказания можно посмотреть здесь

Выделение трансмембранных сегментов в 3D-структуре прототипа.

По идентификатору PDB в БД OPM (Orientations of Proteins in Membranes database) было найдено описание трансмембранных сегментов. Результаты можно увидеть здесь.

Изображение трансмембранных участков белка ADT1_BOVIN (получено с сайта OPM)

Сравнение предсказанных топологий с описанием трансмембранных сегментов в 3D-структуре прототипа.

Сравнение 2-х предсказанных топологий и положения белка в мембране.

По профилю гидрофобности TMHMM

Всего предсказано (N) 77 64

Из них

А. По данным ОРМ находятся внутри мембраны 76 60

В. Из них - "торчащие" из мембраны остатки на концах спиралей 19 14

С. Вообще не имеют никакого отношения к трансмембранным спиралям 20 23

D. Число непредсказанных остатков, которые по данным ОРМ находятся в мембране. 2 4

Точность предсказания, A/N 0.987 0,937

Сверхпредсказание, C/N 0,0259 0.0625

Недопредсказание, D/(L-N), где L-длина последовательности 0,252 0.316

Как видно из таблицы метод предсказания "почти вручную" лучше по точности предсказания и по сверхпредсказанию, но хуже по недопредсказанию. Можно сказать, что особой разницы между предсказаниями нет. Но если учесть, что взятые белки очень сильно различаются, то нужно относиться к результатам с осторожностью.

		По профилю гидрофобности	TMHMM
Всего предсказано (N)		77	64
Из них
	А. По данным ОРМ находятся внутри мембраны	76	60
	В. Из них - "торчащие" из мембраны остатки на концах спиралей	19	14
	С. Вообще не имеют никакого отношения к трансмембранным спиралям	20	23
D. Число непредсказанных остатков, которые по данным ОРМ находятся в мембране.		2	4
Точность предсказания, A/N		0.987	0,937
Сверхпредсказание, C/N		0,0259	0.0625
Недопредсказание, D/(L-N), где L-длина последовательности		0,252	0.316