Выравнивание последовательностей

Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка XXXX_BACSU

	Поиск по БД Swiss-Prot	Поиск по БД PDB	Поиск по БД "nr"
1. Лучшая находка
Accession	P39621	1QG8	NP_391670.1
E-value	5e-152	3e-152	1e-150
Вес (в битах)	536	533	536
Процент идентичности	100%	100%	100%


2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний с E-value < 1E-10)	4	401	1


3. "Худшая из хороших" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний	48	8056	9
Accession	B4RCLO	YP_004087142	1I84 S
E-value	0.89	0.99	0.84
Вес (в битах)	34.3	38.1	30.4
% идентичности	24%	28%	44%
% сходства	40%	50%	54%
Длина выравнивания	108	109	40
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	25-133 и 231-338	3-112 и 753-854	184-224 и 763-799
Число гэпов	7	4	10

Ответы на вопросы

1.Да,удалось
Структура в PDB
Информация о белке в NR
Информация о белке в SwissProt
2.Больше всего гомологов обнаружилось в NR,а наименьшее число в PDB.Возможно,различие объясняется временем создания систем,типом оказываемой им поддержки и нацеленностью на определённые задачи
3.Я воспользовался самой обширной поисковой системоа(NR) и получил 9350 результатов.E-value самой последней находки-10.Я выставил параметр max target sequences на максимально возможное значение(20000)

Поиск гомологов в других таксонах

При поиске с помощью фильтра первый же гомолог был найден в Эукариотах(Q6GV29;e-value:1e-04) "Худшая из хороших" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)


Номер находки в списке описаний	1
Accession	Q6GV29
E-value	1e-04
Вес (в битах)	45.8
% идентичности	24%
% сходства	45%
Длина выравнивания	118
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	4-122 и 16-132
Число гэпов	8

Сравнение выравниваний

Выравнивание,выдаваемое программой BlAST,сильно отличается и от глобального выравнивания(needle),и от частичного(water)
Программа выдаёт 3 частичных выравнивания(2-117;5-116.185-198;246-259.126-132;238-244),тогда как needle даёт 1-256;1-279,в water - 2-251;5-277
;(точка с запятой)-разделение 2 участков последовательностей одного выравнивания
.(точка)-окончание выравнивания и переход к следующему.
Needle
Water
Выдача программы BLAST

Дополнительное задание 3

По результатам сравнения 3 интерфейсов можно сказать,что наиболее удобный для использования-это BLAST на сервере NCBI.В плане выдачи результатов интерфейсы NCBI и Expasy мало отличаются дру от друга,тогда как вариант BLAST на сервери EBI сильно оличается:
1)непосредственное выравнивание последовательностей можно посмотреть в строке с определённой похожей на искомую последовательность
2)Такие параметры как Length,Score,Identities,Positives выводятся прямо в столбцах с результатами.
Если говорить об исходной странице задания параметров,то наиболее дружелюбный к пользователю-это интерфейс NCBI.На EBI представлено меньшее число поисковых систем,в которых ведётся поиск выравнивания,а в Expasy интерфеёс организован не очень удобно.

Дополнительное задание 2

Выравнивание программой BLAST с изменёнными параметрами
Особых отличий от выравнивания при параметрах по умолчанию с новыми настройками я не заметил.

Дополнительное задание 1

>sp|Q5X9A9.1|HASA_STRP6 RecName: Full=Hyaluronan synthase; AltName: Full=Hyaluronate
synthase; AltName: Full=Hyaluronic acid synthase; Short=HA synthase
Length=419
Score = 33.9 bits (76), Expect = 1.2, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 17/54 (31%), Positives = 38/54 (70%), Gaps = 2/54 (4%)

Query  3   KVSVIMTSYNK-SDYVAKSISSILSQTFSDFELFIMDDN-SNEETLNVIRPFLN  54 

           KV+ ++ SYN+ ++ + +++ S+L+QT+   E++I+DD  SN + + +I  ++N     

Sbjct  65  KVAAVIPSYNEDAESLLETLKSVLAQTYPLSEIYIVDDGSSNTDAIQLIEEYVN  118

Мне кажется,что 2 белка могут быть гомологами,потому что несмотря на высокое E-value у выравивания достаточно близки.
В часности,гэпов немного а схожесть достаточно высокая