Sulfolobus tokodaii

Главная страница

Информация об архее

Таксономия

  1. Царство:Archaea
  2. Тип:Crenarchaeota
  3. Класс:Thermoprotei
  4. Отряд:Sulfolobales
  5. Семейство:Sulfolobaceae
  6. Род:Sulfolobus
  7. Вид:Sulfolobus tokodaii

Количественные параметры генома организма

  1. конечный размер всех молекул ДНК
  2. Всего генов:2826
  3. Протеин кодирующих генов:2826
  4. Гены ,принадлежацие к role категории:1173
  5. Гены,не принадлежащие к role категории:263
  6. Предположительные сохранённые гены:980
  7. Гипотетические гены:410

Комментарии

Геном археи секвенировали,чтобы сравнить его геном с геномом близкородственных видов:A prmix K1 и Pyrococcus horikoshii

Статьи,использованные в работе

.Karyn's genomes:Archaea Genomes-Sulfolobus tokodaii.2010
.Sulfolobus tokodaii sp. nov. (f. Sulfolobus sp. strain 7), a new member of the genus Sulfolobus isolated from Beppu Hot Springs, Japan.2002
.Complete genome sequence of an aerobic thermoacidophilic crenarchaeon, Sulfolobus tokodaii strain7.2001

Изложение статей на русском языке

Sulfolobus tokodaii-это организм способный конвертировать H2S в H2SO4 и ,возможно, имеющий значение в промышленности(очистка загрязнённой воды)
Законченная геномная последовательность аэробного термоацидофильного кренархеота Sulfolobus tokodaii strain 7 была определена с использовантем метода дробовика с незначительными измененеиями.Размер генома составил 2694756 bp,а содержание - G + C-32.8%.Следующие РНК, кодирующие гены, были определены:16S-23S одиночный рРНК кластер,один 5S рРНК ген и 46 тРНК генов ( включая 24 интрон, содержащих тРНК генов).Опознанными повторяющиемися последовательностями были повторяющиеся последовательности SR типа,длинные повторяющиеся последовательности рассеянного типа и повторяющиеся элементы типа Tn. Геном содержал 2826 потенциальных протеин кодирующих участков(открытых рамок считывания(ОРС)).В результате поисков соответствия по публичным базам данных 911(32.2%) ОРСов были причислены к функциональным определённым генам, а 921(32.6%) отнесли к запасающим ОРСам с неизвестной функцией; 145(5.1%) содержали несколько Motifs(3-х мерные структуры протеинов с функцией скрепления охватывающей мембраны), но оставшиеся не показали какого-либо значительного сходства с известными последовательностями. ОРСы с функциональным предназначением включали генов-кандидатов, вовлечённых в сульфидный метаболизм, цикл трикарбоновых кислот и респираторную цепь. Сравнение последовательностей дало свидетельства интеграции плазмида,перестройки геномных структур и дупликации геномных участков,которые,возможно,ответствены за более крупный размер генома Sulfolobus tokodaii. Геном содержал гены эукариотического типа, неопознанные в других археях,и ему недостовало CCA последовательности в тРНК генах.Результат предполагает,что этот штамм ближе к эукариотам,чем остальные археи.
таксономическое положение термоацидофильного кренархеота Sulfolobus tokodaii strain 7, ранее изолированного от геотермальных источников Беппу в геотермальной зоне острова Кюсю (Япония),было исследовано с помощью клонирования и секвенации, филогенетического анализа 16S тРНК посдедовательностей генов, ДНК гомологии со сходными видами и путём биохимической характеристики изолированного организма.Он аэроб,оптимально растущий при 80 градусах по Цельсию и PH~2.5-3.0 в аэробных и хемогетеотрофных условиях по аэробному дыханию вместо обычной ферментации.В сочетании с фенотипичными признаками, проводимымый в настоящее время филогенетический анализ,основанный на 16 тРНК генетических последовательностях и ДНК гибридизациионных экспериментах показывает,что этот организм относится к описанному таксону Sulfolobus и должен быть отнесён к новому виду-Sulfolobus tokodaii.
Вся геномная последовательность Sulfolobus tokodaii-это 3 последовательности из аэробных термофильных кренархеот. Сравнение её генома с геномами других архей,возможно,даст важную информацию о различиях между эукариотами и кренахреотами,а также о различиях в термостабильности протеинов и о происхождении и эволюции эукариот.Более детальный анализ генетической организации и генетической структуры в сравнении с геномами других архей в настоящее время ведётся.Сравнение последовательностей также определило следы плазмидов от предковых видов,интегрированных в геном Sulfolobus tokodaii.Генетическая информация штамма обеспечивает информацию о термостабильности протеинов и характеристику клеток,живущих в кислой среде.