Сигналы и мотивы
Создание позиционной весовой матрицы PWM для последовательностей Козак
Задание 4. Поиск сайтов регуляции разрывной транскрипции sgmRNA в полном геноме коронавируса.
Я выбрала вирус Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARS CoV), который послужил
причиной эпидемии атипичной пневмонии в Китае в 2003 году и является близким родственником
SARS-CoV-2.
Сначала из генома вируса были вырезаны последовательности перед началом гена каждого позднего протеина длиной 100 нуклеотидов.
Результат представлен здесь.
Затем с помощью команды meme был выполнен поиск сигналов TRS в этих последовательностях. Выдача meme. Были найдены
три консенсусных последовательности с удовлетворительным E-value, они представлены на рисунках ниже.
