Версия для командной строки

Код можно скачать на github-странице программы. На вход программе подаются пути к двум файлам, содержащим множественное выравнивание в формате .fasta. NB: у одинаковых последовательностей в разных файлах должны быть одни и те же имена, например, и там, и там >first. Результатом работы программы является файл malvsmal.out, в котором выведен процент совпавших колонок и список их индексов в каждом из поданных выравниваний. Уже в терминале справку по программе можно получить с помощью опции -h.

Доступна и расширенная версия программы - с отрисовкой результатов в виде линии (но по сути своей это граф, т. к. написан с помощью графовой библиотеки networkX). Для каждого запуска программа будет визуализировать два графа, которые будут соответствовать картированию совпавших пар на первое и второе выравнивание (зелёный цвет - совпало, синий -нет). Всё это реализовано в GoogleColaboratory-ноутбуке.