Gene Onthology

Задание 1

С помощью AmiGO белок adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase (аденозилметионин-8-амино-7-оксононаноат аминотрансфераза) из бактерии Denitrovibrio acetiphilus DSM 12809 был найден в базе данных GO.
Использовался поиск по последовательности белка.

Аминокислотная последовательность белка в формате fasta

Рисунок 1 Первые 5 находок BLAST

Лучшая находка - Campylobacter jejuni RM1221 из Campylobacter jejuni RM1221, e-value = 5.4e-102.
Конечно, Campylobacter jejuni RM1221 принадлежит типу Proteobacteriа, в то время, как мой организм - типу Deferribacteres, а различие в типе - это значительное различие.
Тем не менее выравнивание выглядит неплохо и e-value у моей находки хороший. Поэтому, продолжим рассмотрение найденного белка.
Сходство белков, исходя из выравнивания, составляет 46% (идентичные позиции) и 66% (функционально консервативные позиции).

Рисунок 2 Парное выравнивание



В данной таблице содержится информация о двух аспектах белка (биологическом процессе и молекулярной функции,на которой я сфокусировалась в дальнейшем)
Кроме того представлены некоторые их атрибуты, например идентификаторы и тип достоверности).
Тип достоверности - указание на то, каким путём была получена информация о данном белке и насколько можно ей доверять.



В данном случае встретился только один тип достоверности ISS. Можно заключить, что достоверность полученной информации довольно высока, так как аннотация производилась вручную.

Задание 2

В таблице 3 представлено описание термина GO:0004015 (transaminase activity).
Из таблицы можно узнать предковые реакции, ферментативные активности, определение, синонимы и т.д.




Рисунок 3 Графическое представление предков данного термина

На рисунке 3 при помощи разных цветов отмечены стрелки, которые характеризуют различные отношения между терминами.

Черные стрелочки означают, что данный термин является другим термином.

Например, "transferase activity is a catalytic activity " означает, что трансферазная активность всегда является каталитической активностью молекулы, но каталитическая активность не всегда трансферазная.

Синяя стрелка означает, что термин является частью какого-то другого термина.

Например, "catalytic activity is a part of metabolyc process" значит, что каталитическая активность необходима для метаболизма.
Также на рисунке представлено описание всех возможных цветов стрелок и список организмов, для которых определены данные термины.