Используя CluD, были проанализированы гидрофобные ядра белка lpxA (PDB ID: 2AQ9)
При параметрах порог расстояния (Distance threshold): 5 и порог размера кластера (Show clusters not smaller): 20 было получено 5 гидрофобных кластеров (таблица 1 и рис. 1).
Рисунок 1. Гидрофобные кластеры белка 2AQ9.
Основная часть субъединицы lpxA представляет собой бета-спираль. На рис1. видно, что самое большое гидрофобное ядро - core1 - находится внутри треугольной призмы, сформированной повторами гексапептидов.
Теперь вспомним, что биологическая единица lpxA - гомотример.
Рисунок 2. Структура биологической единицы lpxA в комплексе с ингибитором
Гидрофобные ядра 8, 2 и 10 таким образом, находятся в местах контактов трех субъединиц
Гиброфобное ядро 14 - в участке присоединения ингибитора - пептида 920.
Для дальнейшего анализа я выбрала комплекс белка с ДНК (PDB ID: 1MNM) и запустила CluD с теми же параметрами
Всего было получено 5 гидрофобных кластеров, один из которых принадлежит ДНК
Рисунок 3. Гидрофобные кластеры структуры 1MNM.