При использовании поиска по сходству структур в PDBeFold, были найдены структурные гомологи белка LpxA (PDB ID: 2AQ9)
Таблица 1. Характеристики некоторых структур, гомологичных белку 2AQ9.
Рисунок 1. Совмещение структур 2AQ9 (голубая цепь) со структурами гомологов: 5DG3 (фиолетовая), 4E6U (оранжевая), 4E6T (синяя) и 3I3A (розовая).
fasta файл с множественным выравниванием структур доступен по ссылке
Файлы с совмещенными структурами: send.rasmol и send.pdb
Далее с помощью JalView было получено изображение структурного выравнивания
Рисунок 2. Полученное множественное структурное выравнивание
Далее было построено выравнивание соответствующих белковых последовательностей алгоритмом Muscle
Рисунок 3. Выравнивание соответствующих белковых последовательностей алгоритмом Muscle
Спорные места - это 79-82 остатки
Рассмотрим 80 остаток
Рисунок 4. 80 остаток
Видно, что в последовательостях 2AQ9,4E6U, 4E6T это остаток Glu. Совмещается он плохо. В последовательности 5DG3 это Leu, а в 3I3A - Thr