Первый семестр

Исследование аминокислотного состава белка thiM_Bacsu с помощью программы MS Excel

  1. Последовательность белка thiM_Bacsu в формате FASTA

    2. >sp|P39593|THIM_BACSU thiazole kinase
    MDAQSAAKCLTAVRRHSPLVHSITNNVVTNFTANGLLALGASPVMA YAKEEVADMAKIAGALVLNIGTLSKESVEAMIIAGKSANEHG
    VPVILDPVGAGATPFRTESARDIIREVRLAAIRGNAAEIAHTVGVTDWLI KGVDAGEGGGDIIRLAQQAAQKLNTVIAITGEVDVIADTSHV
    YTLHNGHKLLTKVTGAGCLLTSVVGAFCAVEENPLFAAIAAISSYGVAAQ LAAQQTADKGPGSFQIELLNKLSTVTEQDVQEWATIERV
    TVS
  2. Длина последовательности - 272а.о.
  3. Молекулярная масса белка thiM_Bacsu - 28174а.е.м. см. подробности в книге THIM_aa.xls на листе aa_mass
  4. Аминокислотный состав белка thiM_Bacsu
    5. Аминокислота Частота,%
    A 15,81
    C 1,10
    D 4.04
    E 5,88
    F 1,84
    G 8,46
    H 2,57
    I 7,35
    K 4,04
    L 8,46
    M 1,47
    N 4,04
    P 2,57
    Q 3,68
    R 3,31
    S 5,51
    T 7,72
    V 10,29
    W 0,74
    Y 1,10
    Самые частые аминокислотные остатки - A(Alanine)
    Самые редкие аминокислотные остатки - W(Tryptophan)
    Вычисления можно посмотреть в книге THIM_aa.xls на листе aa_frequencies
  5. Средний электрический заряд молекулы белка "-3.5e"

    6. Для вычисления среднего электрического заряда необходимо:
    1. На листе в книге Excel создать столбец с однобуквенным названием аминокислот.
      Рядом поместить столбец с количеством каждого аминокислотного остатка в протеине
      и столбец с зарядами аминокислотных остатков в нейтральной среде.
      (Примечание:D(Aspartic Acid) и E(Glutamic Acid) имеют заряд"-1e", H(Histidine) - "+0.5e", а K(Lysine) и R(Arginine) - "+1e", все остальные имеют заряд "0e")
    2. Для расчета заряда пользуемся функцией SUM(СУММ), в которой слагаемыми являются произведения количества определенной аминокислоты на ее заряд.
      Например, если лист имеет следующий вид

      тогда формула для расчета заряда белка будет выглядеть следующим образом:==СУММ(B4*C4;B5*C5;B8*C8;B10*C10;B16*C16)

      3. Вычисления можно посмотреть в книге THIM_aa.xls на листе Charge
  6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis, а также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии


    7. При помощи данного способа (построения диаграмм) в данном случае мы не можем утверждать о принадлежности белка к той или иной группе
    Подробности в книге THIM_aa.xls на листе HPhob_comparison
  7. Дополнительные исследования
    1. Построение профиля гидрофобности белка

      2. Проведя следующие действия, которые описаны в книге THIM_aa.xls на листе HPhob_comparison получаем следующий профиль гидрофобности

      (на графике по оси Ox - первый аминокислотный остаток в окне (20 аминокислотных остатков))
      Исходя из полученного профиля гидрофобности мы можем сделать вывод, что заданный белок скорее всего относится к классу мембранных. Это следует из того, что в белке имеется пять участков с высоким уровнем суммарной гидрофобности, а гидрофильные участки незначительны и их суммарная гидрофильность гораздо ниже, чем суммарная гидрофобность соответствующих участков.
    2. Построение гистограммы, отображающей зависисмость количества белков от их длины (амк)

      3. Подробности построения можно посмотреть на учебном сайте, перейдя по ссылке www.kodomo.fbb.msu.ru/... ,
      или
      в книге Credit2.xls на листе prot_length

      Данный белок THIM_Bacsu имеет длину 272, следовательно можно сделать вывод, основываясь на гистограмме, что данный белок по длине относится к наиболее часто встречаемых в протеоме данного вида.
    ©Анисенко Андрей