Учебный сайт Алены Корягиной

База данных Uniprot. Часть 1

Uniprot – база данных последовательностей белков. С помощью этой базы данных был изучен белок, рассматриваемый ранее, VirB4 АТФазы из бактерии Thermoanaerobacter pseudethanolicus. (см. таблицу 1, графу «для своего белка»). Код доступа белка – B0KAW2.

Также с помощью расширенного поиска (Advanced search) был составлен следующий запрос для поиска ортологов исследуемого белка:
name:"Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein" AND taxonomy:"Thermoanaerobacter [1754]".

Результатом стали 11 последовательностей, все из которых входят в раздел Uniprot/TrEMBL, то есть не проверены экспертом, но следует обратить внимание, что существование исследуемого белка (protein evidence) подтверждено на молекулярном уровне (еvidence at protein level), и его расположение в разделе TrEMBL может объясняться тем, что авторы не успели еще описать вручную этот белок - только поставили метку "изучен экспериментально" или же эта метка выставлена по ошибке. Мною были выбраны 2 белка ортологога из бактерий T.finnii и T. Mathranii, основную информацию о которых вы также можете найти в таблице 1.

Таблица 1. Основная информация о белках-ортологах из бактерий T.рseudethanolicus, T.finnii и T. Mathranii, полученная с сайта Uniprot.

Описание поля	Метка поля	Содержание
		Для своего белка	Для ортолога 1	Для ортолога 2
I. Основная информация
Идентификатор записи	ID	B0KAW2_THEP3B0KAW2	E8UT86_THEBF	D7AQI3_THEM3
Код доступа первый ("Accession number")	AC	B0KAW2	E8UT86;	D7AQI3
Код(ы) доступа остальные)	AC	-	-	-
Дата создания документа	DT	18-MAR-2008	05-APR-2011	10-AUG-2010
Дата последнего исправления аннотации	DT	14-MAY-2014	16-APR-2014, entry version 14.	14-MAY-2014, entry version 18
Название (краткое описание) белка	DE	Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein	Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein;	Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein
Название организма	OS	Thermoanaerobacter pseudethanolicus (strain ATCC 33223 / 39E) (Clostridium thermohydrosulfuricum)	Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii (strain ATCC 43586 / DSM 3389 / AKO-1) (Thermoanaerobacter finnii)	Thermoanaerobacter mathranii (strain DSM 11426 / CIP 108742 / A3)
Таксономия	OC	Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Thermoanaerobacterales; Thermoanaerobacteraceae; Thermoanaerobacter	Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Thermoanaerobacterales; Thermoanaerobacteraceae; Thermoanaerobacter	Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Thermoanaerobacterales; Thermoanaerobacteraceae; Thermoanaerobacter
Название гена и синонимы	GN	Teth39_0060	Thebr_0063	Tmath_0083
Автор(-ы) публикации	RA	Dalin E., Tice H., Pitluck S., Bruce D., Goodwin L., Saunders E., Brettin T., Detter J.C., Han C., Schmutz J., Larimer F., Land M., Hauser L., Kyrpides N., Lykidis A., Hemme C., Fields M.W., He Z., Zhou J., Richardson P.	Lucas S., Copeland A., Lapidus A., Cheng J.-F., Goodwin L., Pitluck S., Chertkov O., Munk C., Detter J.C., Han C., Tapia R., Land M., Hauser L., Kyrpides N., Ivanova N., Mikhailova N., Pagani I., Hemme C.L., Woyke T.	Lucas S., Copeland A., Lapidus A., Cheng J.-F., Bruce D., Goodwin L., Pitluck S., Held B., Detter J.C., Han C., Tapia R., Land M., Hauser L., Kyrpides N., Mikhailova N., Zhou J., Hemme C., Woyke T.;
Название публикации	RT	"Complete sequence of Thermoanaerobacter pseudethanolicus 39E." "Structure of the VirB4 ATPase, alone and bound to the core complex of a type IV secretion system".	"Complete sequence of Thermoanaerobacter brockii finnii Ako-1."	"Complete sequence of Thermoanaerobacter mathranii subsp. mathranii RT mathranii str. A3."
Журнал	RL	Submitted (JAN-2008) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases; Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109:11348-11353(2012)	Submitted (JAN-2011) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases	Submitted (MAY-2010) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases
Чем обосновано существование белка	PE	1: Evidence at protein level	4: Predicted;	4: Predicted
Ссылка (-и) на базу 3D структур PDB	DR	PDB; 4AG5; X-ray; 2.45 A; A/B/C/D=203-594. PDB; 4AG6; X-ray; 2.35 A; A/B/C/D=203-594.	-	-
II. Информация, необходимая для ответа на вопросы
Интересные участки или сайты в последовательномсти	FT	NP_BIND 247 252 ADP BINDING 563 563 ADP BINDING 579 579 ADP; via carbonyl oxygen	-	-

После сравнения полученных данных и последовательностей белков можно сделать вывод, что белки практически идентичны. Белок, полученный из бактерии T.рseudethanolicus, больше изучен, и, следовательно, про него имеется больше информации по сравнению с его ортологами. Далее были получены ответы на следующие вопросы для этого белка:

Опишите функцию и состав комплекса, в который входит данный белок.
Данный белок входит в копмплекс, состоящий из 12 белков, названных VirB1-VirB11 и VirD4 , который выполняет функцию секреции IV типа. Комплекс осуществляет транспорт ДНК и/или белков через мембраны бактерий[1].

В какой части бактериальной клетки локализован Ваш белок?
в цитоплазме[1].

Какие участки белка (напишите номера аминокислотных остатков) участвуют в связывании лиганда? Какого?
В белке присутствует лиганд АДФ (аденозин дифосфат), он связывается белком следующими аминокислотными остатками: 247-252, 563 и 579 (см. таблицу 1, раздел II)

Как уже говорилось, белки практически идентичны, поэтому все, что можно сказать про более хорошо изученный белок из бактерии T.рseudethanolicus, справедливо и для двух его ортологов.

Источники:

[1] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3630358