Учебный сайт Алены Корягиной

VIII семестр
Молекулярное моделирование биополимеров

• Хемоинформатика

• Вычисление параметров для молекулярной механики

• Изучение работы методов контроля температуры в молекулярной динамике

• Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS

• Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом

• Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка

VII семестр
Биоинформатика в 3D

• Построение и визуализация электронной плотности

• Реконструкция "одномерного белка" по данным РСА

• Файл результатов РСА экспериментов

• Восстановление кристалла белка из PDB файла

• Интерпретация ЯМР структуры

• Расчет вторичной структуры

• Совмещение структур

• Поиск гидрофобных кластеров

• Построение поверхноcти белка

• Структурная классификация. Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam

• Использование сервисов PDB

• Отчёт по качеству расшифровки структуры белка (файл в pdf формате)

IV семестр
Эволюция белков

• Филогенетическое дерево

• Укоренение дерева в среднюю точку

• Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги




• Ферменты. База KEGG

• Геномное окружение. База данных STRING

• Мембранные белки




• Поиск сигналов. Теория

• Поиск последовательностей Шайна-Дальгарно в геноме бактерии Thermoanaerobacter pseudethanolicus




• Восстановление предкового состояния доменной архитектуры




• ROC-кривая

III семестр
Последовательности нуклеиновых кислот

• Химическое строение нуклеиновых кислот. ChemSketch

• A- и В- формы ДНК. Структура РНК

• Предсказание вторичной структуры тРНК и поиск ДНК-белоковых контактов




• Нуклеотидные базы данных

• EMBOSS

• Онлайн BLAST

• Локальный BLAST




• Предсказание генов у прокариот

• Предсказание генов у эукариот




• Анализ качества и очистка чтений

• Картирование на референсный геном

• Однонуклеотидные полиморфизмы, индели и сборка

II семестр
Последовательности белков

• Jmol. Трехмерная структура белка АТФазы VirB4 из генома бактерии Thermoanaerobacter pseudethanolicus, штамм ATCC 33223

• Внутримолекулярные взаимодействия в структуре белка АТФазы VirB4

• Лиганды в структуре белка VirB4 АТФазы (идентификатор PDB 4AG5)

• Совмещение структур белков




• PubMed. Нобелевская премия 2003 года по физиологии и медицине

• База данных Uniprot. Часть 1

• База данных Uniprot. Часть 2




• Выравнивание и гомология. Jalview

• Предсказание парных выравниваний

• BLAST. Поиск гомологов белка АТФазы VirB4

• PSI-BLAST. Построение семейства гомологов белка

• Построение множественного выравнивания последовательностей, гомологичных белку АТФазы VirB4. Pfam

• Мотивы. ProSite

I семестр

• Описание генома бактерии Thermoanaerobacter pseudethanolicus, штамм ATCC 33223

• Описание гена с идентификатором белка YP_001664069.1 из генома бактерии Thermoanaerobacter pseudethanolicus, штамм ATCC 33223

• Описание генома свиного астровируса 5, штамм 33/США

• Скрипт на языке Python