Учебный сайт Алены Корягиной

Совмещение структур белков

Поскольку для моего белка VirB4 АТФазы нет подходящих структурных гомолов, то был выбран белок с идентификатором в базе данных PDB 2МАВ. Этот белок предсталяет собой молекулу гроздевидного спидроина (спидроин — входит в состав паутины), полученный из паука вида Nephila antipodiana. Состоит он из двух цепей и его длина равна 109 а.к.

Для поиска его структурных гомологов использовался сервис PDBeFold. Поиск осущетвлялся по цепи А, все остальные условия были заданы по умолчанию. В результате работы сервиса было просмотрено 97 790 pdb-файлов и 253 612 цепочек, всего обнаружено 20 находок.

Из предложенных гомологов был выбран белок, представляющий собой молекулу фиброина-3 длиной 140 а.к., состоящий также из двух цепей и полученный из паука вида Araneus diadematus.

Оба рассматриваемых белка являются фибрилярными и входят в состав паутины паукообразных. Следовательно, вполне возможно, что они будут выполнять одну функцию и будут являтся структурными гомологами.

На рисунке 1 представлено совмещение остовных цепей этих белков. На нем видно, что из-за того, что молекула фиброина-3 на 31 а.к. длинее, есть достаточно большой кусок, которых никак не совмещается с молекулой спидроина, но там, где идет совмещение структур совпадение очень хорошее: всего несколько небольших участков не совпадают. На рисунке 2 расмотрен участок сХ поХ, на котором есть несовпадающий кусочек, а именно: в молекуле спидроина выбивается три аминокислотных остатка (arg35, asn36, gly37), которых нет в молекуле фиброина.

Рис.1. Совмещение остовных цепей белка спидроина и белка фиброина. Более темным синим цветом показана остовная цепь спидроина, формирующая вторичные структуры, более светлым - фиброина. Серым цветом показаны остовные цепи, не формирующие вторичную структуру.	Рис.2. Фрагмент совмещения остовных цепей белка спидроина(с 21 по 52 а.к.) и белка фиброина (с 50 по 80 а.к.) Более темным синим цветом показана остовная цепь спидроина, формирующая вторичные структуры, более светлым - фиброина. Серым цветом показаны остовные цепи, не формирующие вторичную структуру.