Учебный сайт Алены Корягиной

Укоренение дерева в среднюю точку

Реконструкцию дерева возможно провести на основе выравнивания какого-то одного белка. Например, для каждого из организмов, выбранных ранее, были получены последовательности белков, выполняющих функцию фактора инициации трансляции 2. С помощью сервера Muscle полученные последовательности были выровнены (скачать файл в формате .fasta) и на основе полученного выравнивания методом "Neighbor Joining Using % Identity" дерево было реконструировано (скачать проект). На рисунке 1 представлено полученное дерево (скачать в формате .nwk).

Рис.1. Филогенетическое дерево восьми выбранных видов бактерий отдела Firmicutes, построенное методом "Neighbor Joining Using % Identity" на основе выравнивания факторов инициации трансляции 2. Изображение получено с помощью программы Jalview.

Это дерево было укоренено в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP. Использовалась команда "Midpoint root the tree". Укорененное в среднюю точку дерево представлено на рисунке 3 (скачать укоренённое дерево в формате .nwk).

Рис.2. Филогенетическое дерево восьми выбранных видов бактерий отдела Firmicutes, построенное на основании таксономии.	Рис.3. Филогенетическое дерево восьми выбранных видов бактерий отдела Firmicutes,построенное методом "Neighbor Joining Using % Identity" на основе выравнивания факторов инициации трансляции 2 и укорененное в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP. Изображение получено с помощью программы MEGA.

Дерево было укоренено в ветвь {CLOTE, CLOB1, FINM1} против {ENTFA, LACAC, BACAN, BACSU, GEOCA}. Именно в эту ветвь укоренено дерево построенное на основе таксономии, следовательно, предсказанное укоренение считаем достоверным.

Помимо этой ветви в дереве, построенном на основе фактора инициации трансляции 2 (рис.3), и дереве, построенном по таксономии (рис.2), есть еще две одинаковые ветви:
{CLOTE, CLOB1} против {FINM1, ENTFA, LACAC, BACAN, BACSU, GEOCA}
{ENTFA, LACAC} против {CLOTE, CLOB1, FINM1, BACAN, BACSU, GEOCA}.
Новое дерево не бинарное. Основное различие заключается в том, что при реконструкции филогенетического дерева на основании выравнивания белка не было разрешено отношение фактора инициации трансляции у бактерии Bacillus subtilis