Учебный сайт Алены Корягиной

Использование сервисов PDB

Сервис базы данных 3D структур белков и нуклеиновых кислот PDB имеет возможность расширенного поиска (Advanced Search) по множеству критериев. Чтобы продемонстрировать владение расширенного поска были найдены все структуры белков отвечающие следующим параметрам:

• белок является филаментом,
• структура расшифрована с помощью метода электронной микроскопии,
• белки имеют сходство не выше 50% идентичных остатков,
• белки получены из эукариот.

Строка запроса на сайте выглядит следующим образом:
EmAssemblyQuery: em_assembly.aggregation_state.value=FILAMENT and Representative Structures at 50% Sequence Identity and Experimental Method is ELECTRON MICROSCOPY and TAXONOMY is Eukaryota (eucaryotes)

Количество структур, удовлетворяющих каждому критерию по отдельности и в совокупности, представлена в таблице 1.

Таблица 1. Количество структур, удовлетворяющих каждому критерию

Критерий	Кол-во структур, удовлетворяющих одному критерию	Кол-во структур, удовлетворяющих совокупности этого со всеми вышестоящими критериями
EmAssemblyQuery: em_assembly.aggregation_state.value=FILAMENT	148	148
Representative Structures at 50% Sequence Identity of EmAssemblyQuery: em_assembly.aggregation_state.value=FILAMENT	63	63
Experimental Method is ELECTRON MICROSCOPY	1291	59
TAXONOMY is Eukaryota (eucaryotes)	65799	22

В результате было получено 22 структуры, удовлетворяющих всем критериям (идентификаторы PDB: 1KJU, 1OED, 2VOY, 3C9K, 3J2S, 3J6J, 3JAW, 3JBH, 3JBJ, 3JC1, 3ZEE, 3ZYS, 4AQ9, 4CKG, 4UF8, 4UF9, 5AEF, 5AHV, 5AJ2, 5FJB, 5FM1, 5FNA). Получена сводная EXCEL таблица (скачать), в которой содержится некоторая информация по каждой из структур, а именно: PDB код; название структуры; метод решения; разрешение и разрешение метода EM; классификация; информация о главной публикации. Также получены файлы PDB для каждой структуры (файлы PDB) и общий файл формата fasta (скачать), где лежат все последовательности найденных филаментов.