Учебный сайт Алены Корягиной

Расчет вторичной структуры

Для ранее исследуемого белка sonic hedgehog (4с4m, см.рис.1) с помощью web-сервера по предсказанию вторичных структур Stride были предсказаны границы вторичных элементов в этом белке (текстовая выдача программы). В таблице 1 проведено сравнение границ вторичных элементов в белке, предсказанных с помощью веб-сервера, и границ, указанных в файле pdb.

Рис.1. Белок sonic hedgehog (4с4m). Раскраска по элементам вторичных структур. Изображение получено с помощью программы pymol.

Таблица 1. Таблица сравнения границ элементов вторичной структуры в белке sonic hedgehog, предсказанных с помощью веб-сервера, и границ, указанных в файле pdb

Элемент вторичной структуры	PDB	Stride
α-helix	THR 100 - TRP 118	GLN 101 - GLN 117
	LYS 158 - ALA 169	TYR 159 - ALA 169
3-10 helix	ARG 73 - LEU 77	PHE 74 - GLU 76
	GLY 94 - ASP 96	ALA 95 - ARG 97
	SER 139 - GLY 144	LEU 140 - GLU 143
	ASP 155 - SER 157	ARG 156 A LYS 158
β-sheet	PHE 48 - ILE 49	GLN 47 - ILE 49
	THR 78 - PRO 79	THR 78 - PRO 79
	ILE 85 - PHE 87	ILE 86 - PHE 87
	LEU 98 - MET 99	LEU 98 - MET 99
	LEU 123 - GLU 127	LEU 123 - GLU 127
	ALA 146 - THR 151	ALA 146 - THR 151
	TRP 173 - SER 178	TRP 173 - SER 178
	HIS 181 - SER 185	HIS 181 - SER 185

Алгоритм web-сервера Stride предсказал все вторичные структуры согласно данным из pdb (6 спиралей, 8 тяжей β-листов). Абсолютно точно предсказано 6 тяжей β-листов. Для двух других тяжей предсказание на один аминокислотный остаток дальше от начала цепи. В случае спиралей алгоритм предсказывает либо левую границу спирали на один аминокислотный остаток дальше либо на один аминокислотный остаток мешьше с двух сторон спирали.