|
| Рис. 1. Схема секреторной системы IV типа у Agrobacterium tumefaciens. Состоит из 11 VirB белков VirB1–VirB11 и VirD4. Цветовая схема: желтый, нуклеозидтрифосфаты для энергии для транспорта; голубой, части трансмембранного канала; красный, пилус-образующие части; зеленый, литическая трансглюкозилаза, ответственная за деградацию муреинового слоя на месте сборки. |
|
| Рис. 2. Общая схема IV типа секреции. |
В записи Uniprot нашла идентификаторы GO и изучила термины по БД GO; к данному белку относится термин pathogenesis. Ниже приведена табличка с расшифровкой всех терминов GO, связанных с данным белком.
Таблица 1. Расшифровка терминов GO
| Термин | Определение | Тип идентификатора | Синонимы |
| pathogenesis | множество процессов, дающих способность организму приводить к болезни в другом организме | биологический процесс | каналообразующая токсическая активность цитотоксическая активность эндотоксическая активность энтеротоксическая активность экзотоксическая активность липопротеин токсин нейротоксическая активность порообразующая токсическая активность токсическая активность вирулентность |
| Термин | Определение | Тип идентификатора |
| protein secretion by the type IV secretion system | Процесс, в котором белки передаются во внеклеточную среду или непосредственно в клетки-хозяева, с помощью системы секреции IV типа. | биологический процесс |
| type IV secretion system complex | Комплекс белков, связанных с участвующими в конъюгативном переносе бактериальной ДНК, который обеспечивает передачу ДНК или белков во внеклеточную среду либо непосредственно в клетки-хозяева. В целом комплекс образует огибающе-охватывающую структуру, состоящую из мультисубъединичного канала секреции и поверхностных филаментов. | компонент клетки |
На сайте SEED прошла по ссылке на найденный ген. Открылось графическое окно с четырьмя гомологами из разных геномов. Установила Number of regions = 50. E-value cut off поставила 1e-20. Отобрала гомологи с разными окрестностями гомологов данного гена. Увеличила размер окрестности до 30000 п.н., т.е. +-15000 п.н. Получила изображение карты окрестностей выбранных гомологов (рис. 3).
Выравнивание ортологов сгенеририровала по ссылке Sequence → Align. Сохранила выравнивание в формате Clustal.
По ссылке Tabular Region information получила таблицу всех генов окрестностей. Скачала ее и открыла в Excel. Построила сводную таблицу: по строкам – геномы, по столбцам – группы ортологов, тех, которые отмечены одним цветом и имеют один номер (колонка Set). Ниже привожу результаты сводной таблицы (таблица 3):
| Номер | Единица | Количество встреч |
| 1 | VirB1 | 10 |
| 13, 15 | VirB2 | 4 |
| 16 | VirB3 | 2 |
| 2 | VirB4 | 9 |
| 8, 10 | VirB5 | 7 |
| 9, 11 | VirB6 | 7 |
| VirB7 | 2 | |
| 5 | VirB8 | 7 |
| 6 | VirB9 | 7 |
| 3 | VirB10 | 9 |
| 4 | VirB11 | 9 |
Вывод: почти во всех геномных окрестностях ген VirB1 колокализован с VirB4, АТФазой данной системы секреции.