Выравнивания последовательностей 2

1)

Таблица выравнивания

Вес выравнивания: 38

2

При выравнивании программой EMBOSS я получил счет = 56, т.к. когда я выравнивал в прошлом практикуме
я искал выравнивание с наибольшим кол-вом совпадений и воспользовался 3-мя раздельными гэпами => получил крупный штраф.

3a)

В частичное выравнивание вошли участки:
Мой белок(YXBC_BACSU): 20 - 319aa
Сходный белок: 11 - 293aa

2b)

У двух выравниваний есть малые различия, например:
При вырывнивании Needle - 220aa взаимодействует с 250аа моего белка(Q - A)
При выравнивании Water - 220aa взаимодействует с 258аа моего белка(Q - S)

3c)

Больший вес имеет оптимальное локальное выравнивание(watetr).
Локальное выравнивание всегда будет иметь больший вес, т.к. в нем собраны наиболее совпадающие участки,
тогда как в глобальном присутствуют и малопохожие участки, имеющие отрицательный вес(много гэпов), который уменьшает общий вес выравнивания.

4*

Выравнивание в dotmatcher: См. ниже

5*

Результат в matcher: См. ниже
Субоптимальное выравнивание matcher выдало наилучший результат, т.к. выравняло короткий участок последовательности(41aa).