Сигналы и мотивы

Таблица PWM

Вот ссылочка для скачивания файла.

Поиск мотивов

Для выполнения практикума был выбран возбудитель атипичной пневмонии, старший брат вируса, закрывшего наш университет на карантин, SARS-CoV.

MEME в ходе работы запускался дважды: с обычными параметрами и с обязательным одним мотивом на каждую последовательность. Результаты можно посмотреть вот тут и тут. Так как первая выдача нравится авторке намного больше второй, картинки будут только из нее.

Мотив с неплохим e-value обнаруживается в девяти последовательностях из тринадцати. Он же (кроме первого нуклеотида) может быть принудительно найден и во всех остальных, причем с e-value 1.4e-9, что тоже довольно круто. Что самое главное, его начало совпадает с консервативным участком, найденным в статье - CTAAAC. 3'-конец из четырех нуклеотидов достаточно консервативен, чтобы предположить, что он входит и в TRS-L, и в TRS-B.

А вот здесь видно, что интересующий нас мотив (красненький) почти везде находится близко к старт-кодонам, что не может не радовать.