EMBOSS и протеомы.Частоты остатков в протеомах

Escherichia coli (strain K12)

	Идентификатор протеома: UP000000625 
	Количество последовательностей: 4313
	Суммарное кол-во аминокислотных остатков: 1351622

Acidaminococcus fermentans (strain ATCC 25085 / DSM 20731 / VR4)

	Идентификатор протеома: UP000001902 
	Количество последовательностей: 2016
	Суммарное кол-во аминокислотных остатков: 669530

L
A
G
V
E
K
I
T
D
R
S
P
F
Q
N
Y
M
H
C
W
U

10,15
9,04
8,16
7,31
6,52
5,95
5,82
5,45
5,39
5,32
5,04
4,26
3,86
3,70
3,53
3,26
2,87
2,02
1,31
1,04
0,00

10,68
9,51
7,37
7,07
5,77
4,41
6,01
5,39
5,15
5,52
5,80
4,43
3,89
4,44
3,94
2,84
2,82
2,27
1,16
1,53
0,00022

-0,52
-0,47
0,79
0,24
0,76
1,54
-0,19
0,05
0,25
-0,20
-0,75
-0,17
-0,03
-0,75
-0,41
0,41
0,05
-0,24
0,15
-0,50
0,00

Наиболее часто встречающиеся аминокислотные остатки и в протеоме А. fermentans, и в протеоме E. coli одни и те же, а именно лейцин, аланин и глицин, причем их процентные содержания в протеоме E. coli и протеоме А. fermentans довольно близки. Практически то же самое можно сказать и о трех наименее часто встречающихся аминокислотных остатках (триптофан, цистеин и гистидин): они самые редкие как в протеоме А. fermentans, так и E. coli. Правда, у последнего триптофан встречается чуть чаще нежели цистеин, а у моего белка - наоборот. Если оценивать в общем, то, как мне кажется, процентные содержания аминокислотных остатков в протеоме моего белка и процентные содержания тех же остатков протеома E. coli примерно равны. Наибольшая разница в пользу А. fermentans составляет 1,54 % (лизин), в пользу E. coli - 0,75% (серин и столько же глутамин).

Исходные данные для таблицы обработаны с помощью Microsoft Excel; excel-файл лежит здесь.

© Агаева Зара, 2018