Для белка с идентификатором INSDC CDS ABR77094.1 (FAD-зависимая уратгидроксилаза) по AC Swiss-Prot (A6T923) была запущена программа BLAST.
Всего было найдено 115 белков включая изначальный.Из них было выбрано 5 с наименьшим E-value и составлено выравнивание.
Видно что белки гомологичны, но последний несколько выбивается.
Если рассматривать первые 5 белков то виден большой процент совпадений, вплоть до совпадений на промежутках в 50 и более аминокислот.Так что можно говорить о их гомологичности.
Наиболее консервативные участки можно заметить на промежутках : 11-23;41-56;285-307.
Ссылка на текстовую выдачу запроса.
Ссылка на выравнивание в Jalview .
Был выбран полипротеин с ID POLN_CHIK3 и AC Q5XXP4 для организма Chikungunya virus (strain 37997) (CHIKV).далее с помощью программы seqret был вырезан фрагмент полипротеина с координатами начала и конца - 536-1333,который соответсвует протеазе.
С данным белком было найдено 32 гомологичных белка из которых было выбрано 5 для анализа.
Видно что процент совпапдения огромен,что говорит об сильной консервативности полипротеина выделенного для анализа.
Ссылка на последовательность белка.
Ссылка на текстовую выдачу запроса.
Ссылка на выравнивание в Jalview.
При добавлении дополнительного фактора как организма количество находок увеличилось на 1.Так как E-value белка в организме Barley stripe mosaic virus равен 0,09 программа не засчитала этот фактор так как при изначальной выборке он был еще больше.
Также произошло изменение E-value белка в организме Odontoglossum ringspot virus (isolate Korean Cy) с 6е-14 на 2е-15.Значит уменьшился в 30 раз и доля вирусных белков Swiss-Prot равна 3,33%.