Задание 1

Для того, чтобы найти гомологов белка CLPX_ECOLI сначала были скачаны и сложены в один fasta файл протеомы выбраных мной бактерий в Практикум 1 с помощью команды cat
После этого были сделаны индексные файлы для blast
```
makeblastdb -dbtype prot -in blastdb.fasta
```

Далее запущен blastp

 blastp -evalue 0.001 -query CLPX_ECOLI.fasta -db blastdb.fasta -out blastp.txt

Выдача blast - гомологичные белки

  sp|Q891J8|CLPX_CLOTE ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   538    0.0   
  sp|Q2RL30|CLPX_MOOTA ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   533    0.0   
  sp|A5I6W0|CLPX_CLOBH ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   530    0.0   
  sp|Q5KWJ9|CLPX_GEOKA ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   520    0.0   
  sp|P50866|CLPX_BACSU ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   516    0.0   
  sp|Q8Y7K9|CLPX_LISMO ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   511    1e-179
  sp|Q2FXQ7|CLPX_STAA8 ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...   498    1e-174
  tr|Q1GAP8|Q1GAP8_LACDA ATP-dependent Clp protease ATP-binding s...   475    2e-165
  sp|P39778|CLPY_BACSU ATP-dependent protease ATPase subunit ClpY...   106    2e-25 
  sp|Q5L0N1|HSLU_GEOKA ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...   105    6e-25 
  sp|Q1G9V4|HSLU_LACDA ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...   101    2e-23 
  tr|Q2RJP5|Q2RJP5_MOOTA ATP-dependent protease ATPase subunit Hs...   100    4e-23 
  sp|Q8Y7J8|HSLU_LISMO ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...  99.8    6e-23 
  sp|Q2FZ28|HSLU_STAA8 ATP-dependent protease ATPase subunit HslU...  98.2    2e-22 
  tr|Q8Y8B1|Q8Y8B1_LISMO UVR domain-containing protein OS=Listeri...  60.5    5e-10 
  sp|Q2FV74|CLPL_STAA8 ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...  57.8    4e-09 
  sp|O31673|CLPE_BACSU ATP-dependent Clp protease ATP-binding sub...  56.2    1e-08 
  tr|Q1GB74|Q1GB74_LACDA UVR domain-containing protein OS=Lactoba...  52.4    2e-07 
  tr|A5I766|A5I766_CLOBH ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  52.0    3e-07 
  tr|Q2RLR4|Q2RLR4_MOOTA AAA domain-containing protein OS=Moorell...  50.1    6e-07 
  tr|Q2RLP6|Q2RLP6_MOOTA AAA domain-containing protein OS=Moorell...  48.5    2e-06 
  tr|Q891B9|Q891B9_CLOTE ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  47.8    5e-06 
  tr|Q899H3|Q899H3_CLOTE ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  46.6    1e-05 
  tr|Q1GBN8|Q1GBN8_LACDA ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  46.6    1e-05 
  tr|A5I7Q0|A5I7Q0_CLOBH ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  46.2    1e-05 
  tr|Q1G869|Q1G869_LACDA ATP-dependent Clp protease, ATP-binding ...  45.8    2e-05 
  tr|Q5L436|Q5L436_GEOKA UVR domain-containing protein OS=Geobaci...  44.7    5e-05 
  tr|Q5KUR3|Q5KUR3_GEOKA AAA domain-containing protein OS=Geobaci...  44.3    5e-05 
  sp|Q2G2J8|Y1413_STAA8 Uncharacterized protein SAOUHSC_01413 OS=...  43.1    9e-05 
  tr|Q895L6|Q895L6_CLOTE AAA domain-containing protein OS=Clostri...  43.5    1e-04 
  tr|Q2RM95|Q2RM95_MOOTA ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  43.1    2e-04 
  tr|Q8YAC6|Q8YAC6_LISMO ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  43.1    2e-04 
  tr|Q898D1|Q898D1_CLOTE AAA domain-containing protein OS=Clostri...  42.7    2e-04 
  tr|Q5L3T1|Q5L3T1_GEOKA ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  42.4    2e-04 
  tr|A5I501|A5I501_CLOBH AAA domain-containing protein OS=Clostri...  41.6    3e-04 
  tr|A5HYU4|A5HYU4_CLOBH ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH ...  41.2    5e-04 
  tr|Q5KZ67|Q5KZ67_GEOKA AAA domain-containing protein OS=Geobaci...  40.8    5e-04 
  sp|P37476|FTSH_BACSU ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS...  40.8    7e-04 
  tr|Q2RJJ8|Q2RJJ8_MOOTA AAA domain-containing protein OS=Moorell...  40.4    0.001

После этого было построено дерево в программе MEGAX Neighbor-Joining методом с бутстреп анализом

Дерево выбранных организмов — Рис 1. Построенное дерево для гомологов

Из полученного дерева выделяем тройку ортологов и паралогов:
- Ортологи: Q898D1 CLOTE и A5HYU4 CLOBH; Q5L3T1 GEOKA и P37476 BACSU; P39778 BACSU и Q5L0N1 GEOKA
- Паралоги: Q2RJJ8 и Q2RLP6 MOOTA; Q5L436 и Q5KZ67 GEOKA; Q1GAP8 и Q1G9V4 LACDA
Дерево в Newick-формате: (((((((CLPX_GEOKA/1-421_Q5KWJ9,CLPX_BACSU/1-420_P50866),CLPX_LISMO/1-419_Q8Y7K9),CLPX_STAA8/1-420_Q2FXQ7),(CLPX_MOOTA/1-419_Q2RL30,(CLPX_CLOTE/1-431_Q891J8,CLPX_CLOBH/1-429_A5I6W0))),Q1GAP8_LACDA/1-417_Q1GAP8),(HSLU_LACDA/1-464_Q1G9V4,(Q2RJP5_MOOTA/1-461_Q2RJP5,(HSLU_STAA8/1-467_Q2FZ28,(HSLU_LISMO/1-469_Q8Y7J8,(CLPY_BACSU/1-467_P39778,HSLU_GEOKA/1-465_Q5L0N1)))))),(Y1413_STAA8/1-263_Q2G2J8,Q5KZ67_GEOKA/1-291_Q5KZ67),((CLPL_STAA8/1-701_Q2FV74,Q1G869_LACDA/1-696_Q1G869),(Q5L436_GEOKA/1-810_Q5L436,(Q1GB74_LACDA/1-731_Q1GB74,(Q8Y8B1_LISMO/1-724_Q8Y8B1,CLPE_BACSU/1-699_O31673)))),Q2RLR4_MOOTA/1-370_Q2RLR4,(A5I501_CLOBH/1-416_A5I501,(Q2RLP6_MOOTA/1-415_Q2RLP6,(Q2RJJ8_MOOTA/1-494_Q2RJJ8,((Q898D1_CLOTE/1-576_Q898D1,A5HYU4_CLOBH/1-576_A5HYU4),((A5I766_CLOBH/1-658_A5I766,Q891B9_CLOTE/1-624_Q891B9),(((Q899H3_CLOTE/1-603_Q899H3,A5I7Q0_CLOBH/1-601_A5I7Q0),Q2RM95_MOOTA/1-645_Q2RM95),(Q1GBN8_LACDA/1-737_Q1GBN8,(Q8YAC6_LISMO/1-691_Q8YAC6,(Q5L3T1_GEOKA/1-632_Q5L3T1,FTSH_BACSU/1-637_P37476))))))))),(Q5KUR3_GEOKA/1-508_Q5KUR3,Q895L6_CLOTE/1-524_Q895L6));
Далее была сделана визуализация с покрашенными ортологичными группами (Рис.1) и со схлопнутыми ортологичными группами (Рис.2)