Практикум #6 Сигналы и мотивы

Задание 1. Создание позиционной весовой матрицы (PWM) для последовательностей Козак одного из организмов

• Первое задание было выполнено для Mus musculus в этом файле

Задание 2. В полном геноме одного из коронавирусов (Coronaviridae) выполните поиск сайтов регуляции разрывной транскрипции sgmRNA

• Т.к. общий список прошлого семестра не нашел, то взял просто спонтанный вирус из общего выбора, а именно Canada goose coronavirus
• Был скачан fasta-файл с полным геномом этого вируса и gb-файл, чтобы определять начало генов.
• Всего в геноме 16 генов, при этом первым идет полипротеин 1ab (видимо orf1ab тоже самое).
• Создаем файл с координатами upstream последовательностей coord.txt
• Т.к. первые два гена начинаются с одного и того же места, то для них будет одна upstream последовательность итого в файле 15 координат.
• После этого была запущена строка Bash

  seqret @coords.txt -out upstream.fasta

  после чего получился файл с последовательностями , которые были переданы команде

  meme upstream.fasta -oc result -dna -mod zoops -nmotifs 5 -minw 6 -maxw 50 -minsites 2

• Результат выдачи meme тут
• У меня нашелся только один мотив(Рис.1,2) с достаточно маленьким p-value, чтобы считать эту находку значимой
• Из статью мы узнали, что для короновирусов типичным TRS-мотивом является 5' - CUAAAC - 3' или же альтернативный 5' - AACUAA - 3'. Первый из них наблюдается с некоторыми изменениями (в 1 нуклеотиде), хотя возможно для этого вируса именно такой вид мотива является правдоподобным (5' - CUUAAC - 3')