<< Назад к странице 4 семестра
Коллоквиум 1
Из практикума 3:
Задания:
1) Реконструируйте методом максимальной экономии укоренённое дерево отобранных вами бактерий,
используя в качестве внешней группы белок того же семейства из сенной палочки (Bacillus subtilis, мнемоника BACSU в Uniprot);
2) Проведите бутстрэп-анализ филогении своих белков, используя один из методов, доступных из программы MEGA;
3) Постройте филогенетическое дерево тех же бактерий, что в предыдущих заданиях, используя последовательности РНК малой субъединицы рибосомы (16S rRNA).
Результаты
|
Рис. 0. Филогенетическое дерево выбранных организмов (из практикума 1). |
1. Укоренение с использованием внешней группы.
1) Получил последовательности белков из отобранных бактерий и BACSU путем использования формы загрузки из Uniprot.
Использовал тот же файл с идентификаторами, что и в практикуме 2, с добавлением идентификатора BACSU.
2) Командой:
muscle -in efts_bacsu.fasta -out bacsu_efts_alignment.fasta
получил выравнивание белков, которое затем обработал в программе Jalview. Отредактированное выравнивание доступно по
ссылке.
3) Загрузив выравнивание в MEGA, реконструировал дерево методом Maximum parsimony. Далее по схеме Sub Tree -> Root, выбрав тривиальную ветвь
BACSU, укоренил дерево. Затем, нажав на значок Show Subtree Separately и вновь выбрав тривиальную ветвь BACSU, получил изображение
укорененного дерева без BACSU. Изображение дерева см. ниже. Дерево сохранил в формате Newick в файл root_efts_tree.tre
|
Рис. 1. Изображение укорененного дерева белков EFTS из отобранных бактерий. |
2. Бутстрэп.
1) Для реконструкции использовал метод Наибольшего правдоподобия. В результате выполнения программы получил 2 неукорененных дерева:
Original tree и Bootstrap consensus tree, с указанием на ветвях значений бутстрэп-поддержки. Ниже представлены изображения полученных деревьев.
Деревья в Newick-формате доступны по ссылкам:
Original tree Bootstrap consensus tree
|
|
Рис. 2. Изображения оригинального (слева) и консенсусного (справа) деревьев,
полученных при бутстрэп анализе. |
3. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям.
1) Обнаружил, что все последовательности, кодирующие РНК (не только 16s рРНК) данного организма расположены в файле с расширением .frn.
Поиск 16s рРНК в файле осуществлял с помощью Ctrl-F, запись в fasta-файл с помощью простого копирования и вставки. В среднем в файлах
были найдены от 6 до 8 последовательностей, кодирующих 16s рРНК. В процессе поиска геномов организмов в списке для некоторых из них
пришлось использовать синонимичные названия, представленные в NCBI Taxonomy Browser.
2) Выравнивание построено командой:
muscle -in 16s_rrna.fasta -out 16s_rrna_alignment.fasta
Выравнивание доступно по ссылке.
3) Выравнивание было импортироано в программу MEGA. Филогенетическое дерево было реконструировано методом Наибольшего правдоподобия.
Результат, сохраненный в формате Newick, доступен по ссылке.
Изображение полученного дерева представлено ниже.
|
Рис. 3. Филогенетическое дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям. |
|