Автор старался, но не может гарантировать отсутствие биологических ошибок.
Данный практикум посвящен оформлению изображений в PyMOL к отчету по практикуму 3. Рассматривалась структура с pdb_id 1B9H в базе PDB.
Рассматривается молекула белка - синтаза 3-амино-5-гидроксибензойной кислоты (AHBA synthase). В структуре присутствует только одна уникальная полимерная цепочка – chain A. 1 биологическая единица состоит из 2 идентичных асимметрических субъединиц, в каждую из которых входит единственная цепь A.
В белке представлены как альфа-спирали, так и бета-тяжи. Каждый бета-слой состоит из трех взаимодействующих бета-тяжей. Из рисунка 5 видно, что альфа-спирали окружают бета-слои. Наиболее представленным типом вторичных структур являются альфа-спирали.
Анализ единственной цепочки A, состоящей из 388 аминокислот.
Данная макромолекула относится к Amycolatopsis mediterranei (штамм S699) –
грамположительной бактерии с таксономическим идентификатором 713604 NCBI. Uniprot_id:
O52552. Согласно базе Uniprot цепь носит название 3-амино-5-гидроксибензоат синтазы
(AHBA synthase),
EC:4.2.1.144, альтернативное название – предполагаемая UDP-каносаминсинтаза,
субъединица аминотрансферазы (putative UDP-kanosamine synthase aminotransferase subunit).
Структура обеспечивает, во-первых, катализ дегидратации и ароматизации
aminoDHS
до AHBA,
соединения, которое затем служит стартовой единицей для сборки поликетида
во время биосинтеза рифамицина B и других антибиотиков ансамицина.
Во-вторых, в комплексе с RifL RifK может действовать как трансаминаза, вводящая
азот в первый промежуточный продукт пути (UDP-3-keto-D-glucose), с образованием UDP-kanosamine.
Относительно референса из Uniprot в последовательности есть 10 мутаций, вызванных
изменениями в нуклеотидной последовательности ДНК, среди них снижения и потери активности
AHBA-синтазы.
В составе A цепи также есть модифицированный аминокислотный остаток в позиции 188 и
модификация инициатора метионина – его удаление.
Ссылка на документ с соответствующими строками в файле pdb.
В записи присутствует только одна малая молекула - пиридоксаль-5'-фосфат.
Соединение, по данным PDB, представляет собой лиганд с формулой
C8H10NO6P.
Строки в файле pdb с соответствующей молекулой.
Краткое наименование | Полное наименование |
---|---|
PLP | Pyridoxal-5’-Phosphate |
Представленная в структуре малая молекула определяет возможность работы AHBA-синтазы. Так как фермент относится к классу PLP зависимых, то логично предположить, что малая молекула лиганда связана с выполнением функции белка. При этом, наряду с ингибитором в процессе получения структуры PLP также добавлялась искусственно.