Практикум 6

Секвенирование по Сэнгеру

Автор старался, но не может гарантировать отсутствие биологических ошибок.

Pdf-файл с отчетом по практикуму.

1. Название предложенного файла

202 группа номер 19: 19_F.ab1.

2. Длина хроматограммы

774 нуклеотида.

3. Длины начального и конечного трудно читаемых фрагментов

Длина начального трудно читаемого фрагмента – 40 нуклеотидов (до 40), конечного – 140 нуклеотидов (от 634).

Beginning — **Рисунок 1.** Начальный участок хроматограммы.

End — **Рисунок 2.** Конечный участок хроматограммы.

4. Отношение сигнала и шума в среднем

Уровень шума на протяжении большей части хроматограммы не слишком высокий. Есть локальные области, где шум выше среднего, например, 240-253. Также высокий шум в начальном и конечном трудно читаемых фрагментах.

Noise — **Рисунок 3.** Участок с повышенным шумом (240-253 нуклеотиды).

5. Примеры

No noise — **Рисунок 4.** "Шума" почти нет (164-173 нуклеотиды).

Noise bothers — **Рисунок 5.** "Шум" мешает интерпретации сигнала.

Noise doesn't bother — **Рисунок 6.** "Шум" есть, но не мешает интерпретации сигнала.

6. Проблемные нуклеотиды и полиморфизмы

372polymorphism — **Рисунок 7.** Полиморфизм в 372 нуклеотиде.

- 372 нуклеотид
- Полиморфизм
- Гетерозигота
- Рисунок 7
- 391 нуклеотид
- Разное расстояние между сигналами
- Необходимо удалить 91 нуклеотид (букву N) в интерпретации сигнала
- Рисунок 8
- 426-460 нуклеотиды
- Появление вторых пиков
- Результат делеции
- Рисунок 9
- 80 нуклеотид
- Полиморфизм
- Ошибка во время ПЦР
- Рисунок 10
- 224 нуклеотид
- Шум
- Интерпретировать N как тимин
- Рисунок 11

391excess — **Рисунок 8.** "Лишний" 391 нуклеотид.

420-426double — **Рисунок 9.** Появление вторых нуклеотидов в 426-460 нуклеотидах.

80polymorphism — **Рисунок 10.** Полиморфизм в 80 нуклеотиде.

224noise — **Рисунок 11.** Повышение шума в 224 нуклеотиде.