Для выбранных бактерий были созданы базы данных BLAST на основе их протеомов. После этого проводился поиск последовательностей, гомологичных белку CLPX_ECOLI в этих базах. Был установлен порог значимости e-value равным 0.001, а результаты поиска представлены в форме таблицы.
img 2. Изображение укоренённого дерева с отображением bootstrap символами
img 3. Изображение укоренённого дерева с отображением bootstrap текстом(числами)
Ортологи – это гомологичные белки, которые обнаруживаются у разных видов организмов. Ключевыми характеристиками ортологов являются: а) они происходят из разных организмов; б) историческое разделение их общего предка на различные линии, которые в итоге привели к современным видам, произошло в результате процесса видообразования. Важно подчеркнуть, что ортологичные белки обычно выполняют схожие или идентичные функции в разных организмах, что делает их ключевыми маркерами в исследованиях эволюционных отношений между видами.
Паралоги – это гомологичные белки, находящиеся в пределах одного и того же организма. Они возникают в результате дупликации генов в геноме этого организма. В отличие от ортологов, паралоги часто расходятся по функциональным характеристикам после дупликации, так как одна копия белка может сохранить изначальную функцию, в то время как другая может эволюционно адаптироваться для выполнения новых функций. Этот процесс способствует увеличению функционального разнообразия внутри организма и играет важную роль в эволюционном развитии.
