Мотивы, MEME & ProSite

Для выполнения этого практикума были взяты последовательности, полученные в ходе выполнения 11 практикума, посвящённого освоению анвыков работы с BLAST. Это послебовательности β-лактамаз различных организмов. С помощью одной из функций ProSite в эти последовательностях был найден следующий мотив, являющийся сайтом у β-лактамаз A-типа.

В файле с выравниванием последовательностей этот мотив находится с 93 по 108 позицию. По этому запросу в базе данных Swissprot было найдено 100 последовательностей, а в базе данных TrEML - 8038 последовательностей.

Но для данных последовательностей этот мотив не является сильным, так как включает многие "лишние" аминокислоты. Далее приведён самый сильный мотив для этих последовательностей. В базе данных Swissprot по нему находится только 9 результатов, а в TrEMBL - 874.

Самым слабым паттерном для данных последовательностей будет следующий мотив. По нему было найдено 16 результатов в Swissprot и 1130 в TrEMBL. То, что результатов для слабого паттерна оказалось меньше, чем для исходного объясняется тем, что этот паттерн был сделан исключительно по девяти последовательностям из выравнивания, а не для всех подобных белков, то есть в них было больше абсолютно консервартивных участков.