Анализ крупных перестроек геномов
Упр.1) Выберите три генома бактерий или архей одного вида
Escherichia coli:
CP014583.1 - EC strain CFSAN004176
CP012802.1 - EC O157:H7 strain WS4202
CP025268.1 - EC strain K-12 substr. MG1655
Упр.2)Вычислите сходство (identity %) на гомологичных участках геномов и покрытие геномов гомологичными участками (процент гомологичных участков от длины геномов)
CP014583.1vsCP012802.1
CP014583.1vsCP025268.1
CP012802.1vsCP025268.1
Пришлось установить 1e-10, иначе из-за шума графики были нечитаемыми. Это снизило площадь покрытия примерно на 1%.
Ident во всех 3 случаях 99%
Покрытие CP014583.1vsCP012802.1 90%
Покрытие CP014583.1vsCP025268.1 83%
Покрытие CP012802.1vsCP025268.1 79%
Упр.3)Исследуйте один или несколько типов крупных перестроек
CP014583.1vsCP012802.1
CP014583.1vsCP025268.1
CP012802.1vsCP025268.1
Рассмотрим геномные перестройки относительно CP025268.1:
В штамме CP014583.1 происходит одна крупная инверсия длиной приблизительно 1M п.о. (см второй рисунок)
В штамме CP012802.1 происходит две перестройки: крупная инверсия длиной приблизительно 1,5М п.о., аналогичная рассмотренной выше и меньшая (обратная) инверсия внутри нее длиной приблизительно 300K п.о. (см третий рисунок)
Первый рисунок подтверждает наличие малой (300К п.о.) инверсии.
Источники:
[1] Презентация к 10 занятию.
CP014583.1vsCP012802.1
CP014583.1vsCP025268.1
CP012802.1vsCP025268.1
© Матвеев Андрей, 2017 AD