Участок Внутренней Посадки Рибосомы (IRES)
Участок внутренней посадки рибосомы (Internal Ribosome Entry Site - IRES) - регуляторный участнок мРНК эукариот и некоторых вирусов.Расположение элементов IRES часто находится в 5'UTR , но также может встречаться в другом месте мРНК. IRES связывается с 40S субъединицей рибосомы. После связывания он превликает фактор инициации трансляции, независимым от кэпа образом.[1]
Последовательность Козак в геноме человека
Последовательность Козак – это крестность ATG кодона, являющаяся сигналом старта транскрипции. Для выполения задания был использован скрипт взятый у Георгия Муравьёва . На вход вход скрипт берет файл human-genes.tsv, который содержит таблицу со списком генов человека и их положением в геноме.
Выдача скрипта:
Таблица 1. Позиционная весовая матрица с псевдоттсчетами result.csv
| letter | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A | -0.32 | -0.33 | -0.13 | -0.21 | 0.33 | 0.07 | -0.57 | 1.22 | -6.60 | -6.60 | -0.26 | -0.07 | -0.54 |
| T | -0.34 | -0.64 | -0.34 | -0.73 | -1.52 | -0.69 | -1.41 | -6.60 | 1.22 | -6.60 | -0.87 | -0.57 | -0.38 |
| G | 0.35 | 0.61 | 0.19 | 0.27 | 0.63 | 0.04 | 0.43 | -6.24 | -6.24 | 1.58 | 0.86 | -0.07 | 0.50 |
| C | 0.33 | 0.21 | 0.33 | 0.53 | -0.38 | 0.45 | 0.78 | -6.24 | -6.24 | -6.24 | -0.23 | 0.58 | 0.34 |
Таблица 2. Результаты проверки находок при пороге веса 4 check.csv
| Обучение | Положительный контроль | Отрицательный контроль | |
|---|---|---|---|
| Cигнал(+) | 369 (73.8%) | 363 (72.6%) | 142 (28.4%) |
| Cигнал(-) | 131 (26.2%) | 137 (27.4%) | 358 (71.6%) |
Рис 1. Гистограмма распределения весов последовательностей
Таблица 3. Матрица информационного содержания.
| letter | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A | -0.1 | -0.1 | -0.05 | -0.07 | 0.19 | 0.03 | -0.14 | 1.76 | 0 | 0 | -0.08 | -0.03 | -0.13 |
| T | -0.1 | -0.14 | -0.1 | -0.15 | -0.14 | -0.15 | -0.15 | 0 | 1.76 | 0 | -0.16 | -0.14 | -0.11 |
| G | 0.15 | 0.33 | 0.07 | 0.1 | 0.35 | 0.01 | 0.19 | 0 | 0 | 2.29 | 0.61 | -0.02 | 0.24 |
| C | 0.13 | 0.08 | 0.13 | 0.27 | -0.08 | 0.21 | 0.51 | 0 | 0 | 0 | -0.06 | 0.31 | 0.14 |
| IC(j) | 0.08 | 0.17 | 0.05 | 0.15 | 0.33 | 0.11 | 0.41 | 1.76 | 1.76 | 2.29 | 0.31 | 0.12 | 0.14 |
Была получена матрица информационного содержания и построено LOGO по файлу в сервисе Web Logo 3.
Рис 2. LOGO для последовательности Козак в геноме человека.
Число сайтов GAATTC в полном геноме одного штамма E.coli
Для выполнения 4 задания был использован скрипт, взятый у Осиповой Вероники .
Также был выбран штамм ST2747 бактерии Escherichia coli (
GCF_000599665.1) и использован полный геном .
Ожидаемое число сайтов GAATTC в геноме равно 594 (с учётом GC-состава). Реальное же количество таких сайтов в полном геноме 358. Эти данные являются статистически значимыми, так как 8.190378679871565e-26.
