Cравнивая параметры обоих выравниваний можно обнаружить следующие: в данном случае Kalign выдает большее число абсолютно консервативных позиций (188 против 187) и абсолютно функционально консервативных (314 против 311), при этом Clustal Omega строит выравнивание с меньшим количеством гэпов.

МНОЖЕСТВЕННЫЕ ВЫРАВНИВАНИЯ

Для нахождения отличий между различными типами множественного выравнивания я использовала шесть последовательностей гомологичных белков (семейства HSP70 (два из эукариот (PDB ID HSP7C_HUMAN_1; HSP71_YEAST_1), два из бактерий (PDB ID: DNAK_THEFY_1; DNAK_THEVO_1), два из архей (PDB ID: DNAK_BEUC1_1: DNAK_THEAC_1), множественное выравнивание которых строилось раннее.

При помощи данного ресурса было построено два различных множественых выравнивания данных последовательностей:

  1. Clustal Omega - относительно новый инструмент для множественного выравнивания, использующий построение деревьев для генерирования выравнивания; подходит для средних и больших последовательностей.
  2. Kalign - быстрый инструмент для множественного выравнивания, работа которого связана с отдельными участками последовательностей; хорошо подходит для большого выравнивания.

    3. Полученные выравнивания представлены на Рис.1

Рис.1 Сравнение множественных выравниваний

КОММЕНТАРИЙ К ВЫРАВНИВАНИЮ

Сверху представлено выравнивание Clustal Omega, снизу Kalign. Как видно из Рис.1 между ними есть некоторые различия:
  1. В первом выравнивании на позициях 1-2 в первой п-ти стоят метионин и серин, а во всех остальных - два гэпа, в то время как во втором выравнивании эти два гэпа стоят в п-тях 2-6 на позициях 4-5 т.е. в первой позиций каждой послеждовательности расположены метионины, второй - серины и аланины, третьей - аргенины и лизины.
  2. Различия в позициях 34-38. Во втором выравнивании индель расположен перед глицином в п-тях 1, 2, 4, 6. В первом выравнивании эти четыре инделя в четырех п-тях расположены после глицинов.
  3. В позиции 51-52 в первом выравнивании в первых двух последовательносях: -T, во втором выравнивании в тех же позициях тех же последовательностей: T-.

ОПИСАНИЕ ДОМЕННЫХ АРХИТЕКТУР

В данной работе рассматривался белок Рибонуклеазы J (RNJ1_BACSU), структура которого уже описывалась ранее. Данный белок обнаруживается в бактерии кишечной палочки, является эндонуклеазой и играет роль в стабилизации и деградации рРНК и мРНК. С помощью PFAM была получена доменная аркитектура Рибонуклеазы J, которая представлена на рисунке ниже.

Рис.2 Доменная архитектура Рибонуклеазы J

Как видно из рисунка, в состав белка входят два домена:

  1. Lactamase_B(Координаты: 17-185) - относится к суперсемейству металло-бета-лактомаз. Домен в сосатве данного белка неполный, на что указывает зыбчатый край.
    Всего 339 подобных архитектур.
  2. RMMBL(Координаты: 352-416) - специфический домен цинк-зависимой металло-гидролазы РНК.
    Всего 79 архитектур

РАЗЛИЧНЫЕ ВАРИАНТЫ ДОМЕННОЙ АРХИТЕКТУРЫ, СОДЕРЖАЩЕЙ ДОМЕН LACNAMASE_B

1)24009 последовательностей содержат лишь домен Lactamase_B(координаты 21-210):

2)Достаточно распространенной является также архитектура, при которой последовательность содержит и домен Lactomase_B и домен RMMLB. В том числе 2809 последовательностей имеют следующую архитектуру: домен lactamase_B(координаты:17-294) и домен RMMLB (координаты:361-416)

Таже белок содержащий оба данных домена может иметь следующую архитектуру (1272 последовательности):домен lactamase_B(координаты:9-269), домен Beta-Casp(координаты: 250-379) и домен RMMLB (координаты:361-416).

3) Пример достаточно редкой доменной архитектуры, характернйо для 23 последовательностей:домен lactamase_B(координаты: 36-233), неполный домен Flavodoxin_1(координаты: 264-396) и неполный домен Flavin_reduct (координаты: 428-574).

РАЗЛИЧНЫЕ ВАРИАНТЫ ДОМЕННОЙ АРХИТЕКТУРЫ, СОДЕРЖАЩЕЙ ДОМЕН RMMBL

Домен RMMBL является более редким, и практически всегда встречается в арзитекутрах, так или иначе содержащих домены лактамаз В, и достаточно часто домены Beta-Casp. Наиболее распространенным типом архитектуры, содержащей данный домен являются архитектуры, описанные в пункте 2).

Достаточно распросранена также доменная архитектура, содержащая домен СPSF73-100_C (418 последовательностей): домен lactamase_B(координаты:19-228), домен Beta-Casp(координаты: 255-381), домен RMMLB (координаты:397-466) и домен СPSF73-100_C( координаты: 542 - 774).

Главнaя страница
© Анна Камышева 2016