Самостоятельная работа

Дано: неаннотрованный участок генома бактерии Streptococcus pneumoniae (штамм TIGR4 ctg00822)

Задача: определить, где в данном фрагменте закодированы белки, похожие на известные белки родственной бактерии (сенной палочки).

Получила фрагмент (AAGY02000008) генома S.pneumoniae из заданной записи EMBL с заданным началом, длиной 7000 нуклеотидов.

Полный протеом Bacillus subtilis получила из Swiss-Prot программой seqret sw:*_BACSU

Команда для создания индексных файлов: makeblastdb -in protein.fasta -out pr -dbtype prot.

Извлечение из моего фрагмента генома трансляции всех открытых рамок считывания длиной не менее 240 нуклеотидов командой: getorf -minsize 240 -find 1 -table 11.

Поиск сходных последовательностей программой BLAST в протеоме B. subtilis при условии E-value<0,001 командой: blastp -query aagy222.orf -db pr -evalue 0.001 -out aagfin -outfmt 6.

Книга Excel, включающая информацию обо всех открытых рамках считывания в вашем фрагменте генома. Открытых рамок 10.

Таблица предполагаемых генов (т.е., открытых рамок, для которых нашелся сходный белок в B. subtilis):

Рамка	начало во фрагменте	конец во фрагменте	направление	число гомологов	ID белка	E-value
>AAGY02000008_5	5315	4611	обратное	1	ISPD_BACSU	1e-19
>AAGY02000008_6	4621	3584	обратное	1	YJMD_BACSU	8e-04
>AAGY02000008_7	3567	2698	обратное	1	YTMP_BACSU	2e-05
>AAGY02000008_8	2753	1830	обратное	1	YETK_BACSU	8e-04
>AAGY02000008_9	1830	1129	обратное	5	GTAB_BACSU	2e-11
>AAGY02000008_10	1042	185	обратное	1	SMF_BACSU	2e-47

Гипотетические гены во фрагменте 1–7000 записи AAGY02000008

   3'--[<= SMF_BACSU, 185-1042]--[<= GTAD_BACSU, 1129-1830]--[<= YETK_BACSU, 1830-2753]--[<= YTMP_BACSU 2698-3567]--[<= YJMD_BACSU 3584-4621]--[<= ISPD_BACSU 5315-4611]---5' 
   5'----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------3' 

Сравнение взаимного расположения предсказанных генов в исследуемом фрагменте и сходных аннотированных генов в геноме B. subtilis.

Найденные гены Bacillus subtilis расположены далеко друг от друга и не в той последовательности, что гены Streptococcus pneumoniae. Среди них большинство генов, идущих в прямом направлении,а в участке генома Streptococcus pneumoniae таких нет. Все вышесказанное говорит о неконсервативности расположения данных генов.