5-6. Онтологии

1. Описание функции белка P28619

Нахожу белок P28619 в базе QuickGO.

Описание функции белка RNPH_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

	Онтология GO (название словаря)	Количество разных ассоциированных терминов GO	Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Где?	C	N/A	N/A
Зачем, для чего?	P	5	процессинг тРНК или (3'-конца) рРНК
Молекулярный механизм?	F	6	(тРНК-специфичная) нуклеотидилтрансферазная активность
Специфичность?	F	то же	связывание тРНК

2. Описание 3-х терминов GO, ассоциированных с белком P28619

Выбираю два термина GO, ассоциированных с изучаемым белком (по одному из двух доступных словарей GO) и провожу поиск их описаний на сайте Gene Ontology.

Описание терминов GO

GO ID выбранного термина	Список синонимов	Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи	Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0006364	более узкий/точный синоним: 35S primary transcript processing альтернативный ID: GO:0006365	rRNA processing part_of (inferred) rRNA processing is_a (inferred) rRNA processing is_a (infered)  rRNA processing part_of (inferred) rRNA processing part_of (inferred) rRNA processing is_a (inferred) rRNA processing part_of (inferred) rRNA processing is_a (inferred) rRNA processing part_of (inferred) rRNA processing is_a (inferred) rRNA processing part_of (inferred) rRNA processing part_of (inferred) rRNA processing is_a (inferred) rRNA processing is_a (inferred) rRNA processing part_of (inferred) rRNA processing part_of (inferred) rRNA processing is_a (inferred) rRNA processing is_a (inferred) rRNA processing part_of (inferred) rRNA processing is_a (inferred) rRNA processing is_a  rRNA processing part_of rRNA processing is_a	cleavage involved in rRNA processing (GO:0000469) part_of maturation of 2S rRNA (GO:0000475) is_a maturation of 4.5S rRNA (GO:0000476) is_a maturation of 5.8S rRNA (GO:0000460) is_a maturation of 5S rRNA (GO:0000481) is_a maturation of LSU-rRNA (GO:0000470) is_a maturation of SSU-rRNA (GO:0030490) is_a negative regulation of rRNA processing (GO:2000233) negatively_regulates positive regulation of rRNA processing (GO:2000234) positively_regulates regulation of rRNA processing (GO:2000232) regulates  rRNA 3'-end processing (GO:0031125) is_a rRNA modification (GO:0000154) is_a
GO:0000049	нет синонимов	tRNA binding is_a (inferred) tRNA binding is_a (inferred) tRNA binding is_a (inferred) tRNA binding is_a	base pairing with tRNA (GO:0000946) is_a

Граф для GO:0042254 (биогенез рибосомы) --- родительского термина по отношению к GO:0006364.

Граф для GO:0043170 (связанный с макромолекулами метаболический процесс) --- родительского термина по отношению к GO:0006364.

Граф для GO:0003676 (связывание нуклеиновых кислот) --- родительского термина по отношению к GO:0000049.

3. Описание протеома бактерии Oenococcus oeni PSU-1 с использованием терминов GO

Число белков в протеоме бактерии Oenococcus oeni PSU-1, обнаруженных в базе UniProtKB, составляет 1687.

Хотя бы один термин GO приписан 1225 белкам (72.61%).

Чаще встречаются термины из словаря F (молекулярная функция), что можно объяснить большим их разнообразием по сравнению с биологическими процессами и возможными локализациями:

Чаще всего встречается термин GO:0005524 из словаря F, имеющий следующее описание: "Взаимодействующий селективно и нековалентно с АТФ, аденозин-5'-трифосфатом, всеобще важным коферментом и регулятором ферментов", что, в принципе, неудивительно (причина такого широкого распространения этого термина ясна из его описания).

Наиболее часто встречающиеся термины в каждом из словарей:

Словарь	Список терминов
F	GO:0005524, GO:0003677, GO:0000166
C	GO:0005737, GO:0016021, GO:0005886
P	GO:0006412, GO:0006508, GO:0006351

Таблица с обработанными данными.

4. Получение выборки из последовательностей ячменя с функцией карбоксилирования

Организм --- ячмень (лат. Hordeum, англ. barleys). Ранг этого таксона --- род (genus), его идентификатор --- 4512.

Краткое описание таксона: род растений семейства Злаки, один из древнейших злаков, возделываемых человеком; представители рода Ячмень --- однолетние, двулетние или многолетние травы.

Необходимая функция --- карбоксилирование / carboxylation. Выбран термин GO:0016984 из словаря Molecular Function.

Запрос к SRS:

([uniprot-Taxonomy:Hordeum*] > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0016984*]))

Количество находок: 47. Файл с последовательностями.