Входной файл в формате msf

Программой noreturn получен файл al12.noreturn

Расчет весов строк выравнивания программой pfw

Запуск программы: pfw al.noreturn > al_2.msf

В файле al.msf последовательности имели веса, равные 1, в новом файле al_2.msf (выдача программы ниже) последовательности имеют разные веса, меньше 1

 Name: RS12_CLOTE       Len:    15  Check: 9161  Weight: 0.2432
 Name: RS12_STRPN       Len:    15  Check: 9216  Weight: 0.0986
 Name: RS12_BACSU       Len:    15  Check: 9269  Weight: 0.1512
 Name: RS12_LISMO       Len:    15  Check: 9296  Weight: 0.1661
 Name: RS12_LACDA       Len:    15  Check: 9292  Weight: 0.1416
 Name: RS12_PEDPA       Len:    15  Check: 9137  Weight: 0.2094

Создание профиля программой pfmake

Запись программы pfmake al_2.msf /usr/share/pftools23/blosum62.cmp > al.prf

Подготовка файла с последовательностями в fasta-формате, в которых будет производится поиск

Запись программы seqret sw-org:bacteria bacteria.fasta

Поиск по профилю

Запуск поиска pfsearch -C2.0 -f al.prf bacteria.fasta > al.pfsearch. Порог 2.0, т.к. при пороге 1.5 нашлись 15160 последовательности
Всего 1840 находок

Анализ списка найденных белков, сравнение его со списком всех белков подсемейства

• Число верных находок ("True positive hits", TP) = 153
  Число ложных находок ("False positive hits", FP) = 1 687
  Число ненайденных белков подсемейства (ложноотрицательных результатов, "False negatives", FN) = 1
  Чувствительность TP/(TP+FN) = 0,99
  Селективность TP/(TP+FP) = 0,084

• Селективность моего паттерна - 0,84, подобрала порог 4,36 с селективностью 0,80
  ROC-кривая для порога 4,36 в файле Excel
  

Четвертый семестр