Построение частотной матрицы (профиль) по участку выравнивания программой pophecy

В файле - матрица, строка - одна позиция выравнивания 1->n, столбец - аминокислота A->Z.

Поиск в бактериальных белках из Swiss-Prot участков, дающих счет выше 30 при сравнении с созданным профилем

• Всего 470 437 находок
  Счет больше 40 - 35 371
  Счет больше 50 - 1 815
  Счет больше 60 - 650
  Ограничимся счетом 44 - 8 807 находок

• Составлена сводная таблица в файле Excel, лист Своднтабл

Анализ списка найденных белков, сравнение его со списком всех белков подсемейства

• Число верных находок ("True positive hits", TP) = 154
  Число ложных находок ("False positive hits", FP) = 8 500
  Число ненайденных белков подсемейства (ложноотрицательных результатов, "False negatives", FN) = 0
  Чувствительность TP/(TP+FN) = 1
  Селективность TP/(TP+FP) = 0,018

• Построена ROC-кривая в файле Excel
  
• Селективность моего паттерна - 0,84, подобрала порог 86 с селективностью 0,75
  ROC-кривая для порога 86 в файле Excel
  

Четвертый семестр