В данном практикуме я исследовала, как локальные мутации в кодирующей последовательности сказываются на последовательности белка.
Ген белка D-аланин-D-аланиновой лигазы бактерии Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293 был получен на сайте NCBI. При выполнении задания пригодились материалы практикума 6, а именно направление считывания и координаты гена в геноме. Мною в работе использовались следующие команды пакета EMBOSS:seqret - нахождение выбранного мною участка в геноме Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293
transeq - трансляция кодирующей последовательности
needle - реализация алгоритма глобального выравнивания Нидлмана – Вунша
В работе отражено влияние таких мутаций, как делеция, одиночная замена нуклеотидов, вставка нуклеотидов. Мутация могла оказаться синонимической (замена кодона, не приводящая к замене кодируемой аминокислоты), миссенс-мутацией (измененный кодон начинает кодировать другую аминокислоту) или нонсенс-мутацией (приводит к появлению стоп-кодона).
С помощью программы Jalview были визуализированы различия в аминокислотных последовательностях исходного белка и "мутированного". Для каждой мутации были построены выравнивания и получены изображения в формате .png, которые отображают различия выравниваний. Использовалась раскраска BLOSUM62, она учитывает функциональные группы остатков, со степенью консервативности 30 (стоит по умолчанию).
Отчёт по практикуму: таблица Excel