Если структура белка содержит остатки, склонные в нативной форме находиться в разных конформациях, то они также могут закристаллизоваться в нескольких различных формах. Каждый из вариантов остатка отмечается отдельным набором атомов и помечается altercode.
Такой эффект в основном присущ структурам с высоким разрешением.
Ниже приведены строки PDB-файла записи 5ID2 для остатка GLN 51.
ATOM 405 N GLN A 51 23.111 39.875 -40.745 1.00 30.52 N ANISOU 405 N GLN A 51 3802 3913 3880 -58 561 -138 N ATOM 406 CA AGLN A 51 22.029 40.836 -40.999 0.51 31.18 C ANISOU 406 CA AGLN A 51 3917 3993 3938 -22 574 -116 C ATOM 407 CA BGLN A 51 22.018 40.829 -41.003 0.49 30.92 C ANISOU 407 CA BGLN A 51 3884 3960 3904 -22 574 -116 C ATOM 408 C GLN A 51 21.584 41.506 -39.710 1.00 30.78 C ANISOU 408 C GLN A 51 3848 3911 3933 -78 563 -130 C ATOM 409 O GLN A 51 21.308 42.700 -39.690 1.00 32.00 O ANISOU 409 O GLN A 51 4021 4035 4102 -70 606 -103 O ATOM 410 CB AGLN A 51 20.826 40.165 -41.630 0.51 31.80 C ANISOU 410 CB AGLN A 51 4014 4120 3948 33 517 -136 C ATOM 411 CB BGLN A 51 20.800 40.200 -41.711 0.49 31.20 C ANISOU 411 CB BGLN A 51 3940 4045 3868 38 519 -134 C ATOM 412 CG AGLN A 51 20.918 39.933 -43.122 0.51 33.18 C ANISOU 412 CG AGLN A 51 4220 4331 4055 118 534 -118 C ATOM 413 CG BGLN A 51 19.881 39.305 -40.893 0.49 31.23 C ANISOU 413 CG BGLN A 51 3917 4067 3878 6 437 -182 C ATOM 414 CD AGLN A 51 19.803 39.030 -43.643 0.51 34.20 C ANISOU 414 CD AGLN A 51 4353 4511 4127 167 457 -162 C ATOM 415 CD BGLN A 51 18.743 38.694 -41.709 0.49 31.69 C ANISOU 415 CD BGLN A 51 3987 4171 3880 66 384 -207 C ATOM 416 OE1AGLN A 51 18.646 39.223 -43.288 0.51 34.52 O ANISOU 416 OE1AGLN A 51 4392 4559 4163 166 420 -177 O ATOM 417 OE1BGLN A 51 18.680 38.853 -42.932 0.49 32.29 O ANISOU 417 OE1BGLN A 51 4095 4274 3899 141 400 -193 O ATOM 418 NE2AGLN A 51 20.137 38.056 -44.495 0.51 35.11 N ANISOU 418 NE2AGLN A 51 4471 4661 4204 210 433 -186 N ATOM 419 NE2BGLN A 51 17.845 37.973 -41.031 0.49 31.29 N ANISOU 419 NE2BGLN A 51 3909 4131 3848 39 319 -244 N
В некоторых случаях определенные аминокислотные остатки в кристалле остаются чрезмерно подвижными и их положение не удается идентифицировать с помощью рентгеноструктурного анализа. Такие остатки перечисляются в PDB-файле в разделе MISSING RESIDUES.
Ниже приведены нерасшифрованные остатки PDB-файла записи 5ID2.
REMARK 465
REMARK 465 MISSING RESIDUES
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE
REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN
REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)
REMARK 465
REMARK 465 M RES C SSSEQI
REMARK 465 MET A -10
REMARK 465 LYS A -9
REMARK 465 HIS A -8
REMARK 465 HIS A -7
REMARK 465 HIS A -6
REMARK 465 HIS A -5
REMARK 465 HIS A -4
REMARK 465 HIS A -3
REMARK 465 PRO A -2
REMARK 465 MET A -1
REMARK 465 MET B -10
REMARK 465 LYS B -9
REMARK 465 HIS B -8
REMARK 465 HIS B -7
REMARK 465 HIS B -6
REMARK 465 HIS B -5
REMARK 465 HIS B -4
REMARK 465 MET C -10
REMARK 465 LYS C -9
REMARK 465 HIS C -8
REMARK 465 HIS C -7
REMARK 465 HIS C -6
REMARK 465 HIS C -5
REMARK 465 HIS C -4
REMARK 465 MET D -10
REMARK 465 LYS D -9
REMARK 465 HIS D -8
REMARK 465 HIS D -7
REMARK 465 HIS D -6
REMARK 465 HIS D -5
REMARK 465 HIS D -4
REMARK 465 HIS D -3
REMARK 465 PRO D -2
Как мы видим, нерасшифрованными оказались остатки в N-концевом 6-His-тэге, который, очевидно, был использован для выделения белка. Вероятно, нерасшифрованными они остались из-за их чрезмерной подвижности.
Как мы уже выяснили, рассматриваемый нами белок отличается от референсной последовательности в UniProt наличием тэга для выделения аффинной хроматографией. Отличия последовательности кристаллизованного белка от референсной указываются в полях SEQADV.
Ниже приводится отличия записи PDB с ID 5ID2 от референса для цепи A (другие цепи полностью идентичны):
DBREF 5ID2 A 1 153 UNP P9WIE3 Y2238_MYCTU 1 153 SEQADV 5ID2 MET A -10 UNP P9WIE3 EXPRESSION TAG SEQADV 5ID2 LYS A -9 UNP P9WIE3 EXPRESSION TAG SEQADV 5ID2 HIS A -8 UNP P9WIE3 EXPRESSION TAG SEQADV 5ID2 HIS A -7 UNP P9WIE3 EXPRESSION TAG SEQADV 5ID2 HIS A -6 UNP P9WIE3 EXPRESSION TAG SEQADV 5ID2 HIS A -5 UNP P9WIE3 EXPRESSION TAG SEQADV 5ID2 HIS A -4 UNP P9WIE3 EXPRESSION TAG SEQADV 5ID2 HIS A -3 UNP P9WIE3 EXPRESSION TAG SEQADV 5ID2 PRO A -2 UNP P9WIE3 EXPRESSION TAG SEQADV 5ID2 MET A -1 UNP P9WIE3 EXPRESSION TAG SEQADV 5ID2 VAL A 0 UNP P9WIE3 EXPRESSION TAG
В-фактор - это рассчитанное для каждого атома число, которое характеризует, насколько качественно данный атом вписывается в полученную электронную плотность. Чем ниже это число, тем стабильнее поведение этого атома в структуре (и более точно можно представить его координаты).
Ниже показан аминокислотный остаток с одним из наиболее низких средних B-факторов в PDB-файле записи 5ID2:
ATOM 4275 N ILE D 69 55.313 39.402 -15.052 1.00 17.14 N
ANISOU 4275 N ILE D 69 1900 2368 2244 -249 83 38 N
ATOM 4276 CA ILE D 69 55.161 40.580 -14.205 1.00 16.97 C
ANISOU 4276 CA ILE D 69 1875 2335 2235 -260 88 24 C
ATOM 4277 C ILE D 69 54.751 41.795 -15.013 1.00 17.13 C
ANISOU 4277 C ILE D 69 1891 2334 2280 -257 80 28 C
ATOM 4278 O ILE D 69 55.370 42.110 -16.028 1.00 17.24 O
ANISOU 4278 O ILE D 69 1907 2350 2292 -253 72 48 O
ATOM 4279 CB ILE D 69 56.477 40.925 -13.464 1.00 17.02 C
ANISOU 4279 CB ILE D 69 1884 2356 2227 -273 88 25 C
ATOM 4280 CG1 ILE D 69 56.988 39.724 -12.651 1.00 16.95 C
ANISOU 4280 CG1 ILE D 69 1878 2370 2190 -272 94 27 C
ATOM 4281 CG2 ILE D 69 56.274 42.119 -12.539 1.00 17.16 C
ANISOU 4281 CG2 ILE D 69 1903 2359 2258 -284 90 3 C
ATOM 4282 CD1 ILE D 69 58.362 39.923 -12.037 1.00 17.07 C
ANISOU 4282 CD1 ILE D 69 1891 2403 2189 -283 87 31 C
Как будет показано в практикуме 8 (определение вторичной структуры белка), этот остаток входит в один из наиболее устойчивых β-листов в белке.
Далее показан аминокислотный остаток с одним из наиболее высоких средних B-факторов в PDB-файле записи 5ID2:
ATOM 3720 N MET D -1 68.636 53.529 -14.378 1.00 74.48 N
ANISOU 3720 N MET D -1 8912 9388 9996 -582 -9 149 N
ATOM 3721 CA MET D -1 68.285 54.049 -15.733 1.00 75.12 C
ANISOU 3721 CA MET D -1 8996 9443 10103 -567 29 205 C
ATOM 3722 C MET D -1 68.478 53.006 -16.838 1.00 70.02 C
ANISOU 3722 C MET D -1 8345 8845 9412 -533 62 261 C
ATOM 3723 O MET D -1 67.893 53.132 -17.914 1.00 71.30 O
ANISOU 3723 O MET D -1 8524 9000 9565 -507 92 300 O
ATOM 3724 CB MET D -1 69.105 55.304 -16.066 1.00 79.75 C
ANISOU 3724 CB MET D -1 9546 9977 10777 -604 32 235 C
ATOM 3725 CG MET D -1 68.848 56.501 -15.159 1.00 83.62 C
ANISOU 3725 CG MET D -1 10043 10405 11320 -636 2 180 C
ATOM 3726 SD MET D -1 67.200 57.215 -15.360 1.00 88.27 S
ANISOU 3726 SD MET D -1 10683 10949 11906 -609 16 162 S
ATOM 3727 CE MET D -1 67.354 58.037 -16.946 1.00 86.55 C
ANISOU 3727 CE MET D -1 10448 10692 11743 -603 60 250 C
Как мы можем видеть, этот остаток был добавлен для выделения белка на колонке и не несет функциональной роли, а свободно "болтается" около свернувшейся глобулы белка.