Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Задание 1
С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК из 5 повторов GATC (так как fiber может генерировать Z-ДНК только из повторов GC, файл с Z-формой представлен этим повтором).
Задание 2
Задание выполялось на примере 16-го из файла 1bna (B-форма ДНК, Рис.1).
В сторону большой бороздки обращены атомы g16.с5, g16.c6, g16.o6, g16.n7, g16.с8
В сторону малой бороздки обращены атомы g16.c2, g16.n2, g16.n3, g16.c4, g16.n9
| A-форма | B-форма | Z-форма | |||
|---|---|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая | ||
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.80 | 43.50 | ||
| Число оснований на виток | 11 | 10-11 | 12 | ||
| Ширина большой бороздки | 7.98 (G5:A - A30:B) | 16.72 (T8:A - C21:B) | 16.08 (C10:A - C30:B) | ||
| Ширина малой бороздки | 16.97 (G5:A - T39:B) | 9.99 (A5:A - G16:B) | 9.87 (G11:A - C34:B) | ||
Задание 3
В качестве тРНК была выбрана глициновая тРНК (в pdb файле представлена в комплексе с глицил-тРНК-лигазой).
Упражнение 1
С помощью программ find_pair и analyse пакета 3DNA были измерены торсинонные углы в заданной тРНК. Они представлены в файле angles.txt. Они сильно отличаются от торсионных углов в канонических формах ДНК, но в стеблях несколько напоминают углы в A-форме ДНК.
Упражнение 2
С помощью тех же программ была определена структура водородных связей в тРНК. Они представлены в файле hbonds.txt.
Стебли образуют следующие пары нуклетоидов: 2:71–7:66; 49:65–53:61; 38:32–44:26; 10:25–13:22 (используется нумерация нуклеотидов от 1 из out.txt, двоеточиями обозначены водородные связи).
Неканонические пары оснований: G10-U25; U13-U22; A14-U8; G15-C48; U38-U32; C49-G65; U54-A58; U55-G18.
Упражнение 3
По данным о перекрывании последовательных пар оснований были построены изображения пар с наибольшим (стандартное изображение стекинг-взаимодействия) и наименьшим ненулевым перекрыванием. В первом случае две пары расположены друг над другом и контактируют обоими основаниями, во втором - повёрнуты друг относительно друга на 90 градусов и контактируют только одним основанием.
