Без названия 1

1. Поиск мотивов программой MEME.
Возьмем файл с последовательностями mypro.fasta, и в командной строке выполняем:

ememetext mypro.fasta memeout.txt temp.fasta -nmotifs 3

Если бы мы взяли лист-файл mypro.list, нужно было бы выполнить команду

ememetext @mypro.list memeout.txt temp.fasta -nmotifs 3

Получаем файл memeout.txt. Таблица по результатам изучения информации из файла:

Номер мотива	Во всех ли последовательностях нашелся?	Координаты в последовательности YDAF_BACSU	P-value в последовательности YDAF_BACSU	Длина	E-value
1	во всех 5	120-157	1.90e-32	38	1.6e-010
2	во всех 5	91-111	1.12e-20	21	2.0e-006
3	в 2 из 5	(34-54 по RIMJ_SHIFL)	-	21	3.9e+000

2. Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle.
Получаем программой muscle выравнивание. Выполняем команду:

muscle -in mypro.fasta -out mypro_muscle.fasta

Открываем в JalView выравнивание. Выделяем разными цветами участки последовательностей, входящих в найденные программой MEME блоки.
Импортируем картинку.

Сохраняем проект JalView в рабочей директории: mot.jar

Сравним выравнивания MEME и Muscle. Для всех трех мотивов они совпали.

3. Поиск найденных мотивов в других последовательностях.

Командой

degapseq seed.msf seed.fasta

извлекаем последовательности из выравнивания.
Теперь запустим emast:

emast -dfile seed.fasta memeout.txt mastout.html

Получаем выдачу MAST.
1. Всего нашлось 53 последовательности с мотивами из 243, имевшихся в seed.fasta: второй мотив в 29 последовательностях, третий - в одной, первый - нигде.
2. Все мотивы не нашлись ни в одной из последовательностей.
3. Выравнивание Pfam мало где соответствует мотивам.