Enzyme Classification |
я все задания выполнил во время, но случайно удалил файл с отчетом к этому практикуму так-как, создавая новый
отчет, я, просто, копирую старый и чищу его. В этот раз случайно не скопировал, а переместил. Дату выполнения задания можно посмотреть, взглянув на даты создания других файлов (директория public_html/term4/practice5)
1 - Информация о ферментеEC моего фермента - 1.14.14.11.-.-.- - Oxidoreductases(Оксидоредуктазы) 1.14.-.- - Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen(действующие на пару доноров, с вовлечением или восстановлением молекулярного кислорода) 1.14.14.- - With reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen(с флавином или флавопротеином в качестве одного из доноров при участии одного атома кислорода) 1.14.14.1 - Unspecific monooxidases(неспецифические монооксидазы) Катализируемая реакция: RH + flavoproteinRed + O2 <=> ROH + flavoproteinOx + H2O дополнительноДействует на широкий спектр субстратов, включая стероиды, жирные кислоты, витамины и простагландины Катализирует множество реакций, включая эпоксидирование, гидроксилирование, сульфоксидирование, N-, S, O-деалкилирование, десульфирование, дезаминирование, восстановление азо- нитро- NO групп и пр. Ранее классифицировались как EC 1.14.1.1, EC 1.14.14.2, EC 1.14.99.8 и EC 1.99.1.1. 2 - количество белков в SwissProt с похожей классификациейНа сайте Uniprot в поисковой строке выбираем все белки челавека в SwissProt, вверху страницы с выдачей нажимаем на "Browse by enzyme class", а дальше даже ребенок разберется за минуту. Итак:
3 - сохранение функций у белков со сходными последовательностямиВ UniProt выбрал все оксидоредуктазы мыши и сохранил все описания в одном файле , далее, используя написанный мной скрипт на питоне, получил таблицу с ID и EC в формате CSV каждой находки, также скачал их все в fasta формате и создал БД для blastp. E-value выбрал 10. Результат и анализ данных сохранил в таблице ODS .P.S. Почему-то при нажатии на последнюю ссылку открывается нечитаемый файл, а он же после скачивания прекрасно открывается. |