Сравнение частоты аминокислотных остатков в протеомах
Cloacimonas acidaminovorans и Escherichia coli (strain K12)
Краткая информация о протеомах
| Organism | E. coli | C. acidaminovorans |
| Proteome ID | UP000000625 | UP000002019 |
| Number of sequences | 4313 | 1813 |
| Number of amino acids | 1351622 | 649216 |
Сравнение протеомов
|
C. acidaminovorans |
E. coli |
|
| Остаток |
Процент в протеоме |
Процент в протеоме |
Разность процентов |
| All |
100,00% |
100,00% |
0,0000% |
| A |
6,51% |
9,51% |
-2,9986% |
| C |
1,13% |
1,16% |
-0,0314% |
| D |
5,03% |
5,15% |
-0,1148% |
| E |
6,59% |
5,77% |
0,8266% |
| F |
4,55% |
3,89% |
0,6594% |
| G |
6,15% |
7,37% |
-1,2252% |
| H |
1,68% |
2,27% |
-0,5909% |
| I |
8,44% |
6,01% |
2,4254% |
| K |
6,83% |
4,41% |
2,4194% |
| L |
10,04% |
10,68% |
-0,6335% |
| M |
2,25% |
2,82% |
-0,5757% |
| N |
5,84% |
3,94% |
1,9004% |
| P |
4,27% |
4,43% |
-0,1601% |
| Q |
3,70% |
4,44% |
-0,7432% |
| R |
3,88% |
5,52% |
-1,6343% |
| S |
6,27% |
5,80% |
0,4760% |
| T |
5,54% |
5,39% |
0,1446% |
| U |
0,00% |
0,00% |
-0,0002% |
| V |
5,61% |
7,07% |
-1,4629% |
| W |
1,16% |
1,53% |
-0,3749% |
| Y |
4,54% |
2,84% |
1,6937% |
У C. acidaminovorans наиболее часто встречается лейцин,
изолейцин и лизин. У E. coli наиболее часто встречаются лейцин, аланин
и глицин. Наименее распространены как у C. acidaminovorans, так и у
E. coli цистеин, триптофан и гистидин. Самая большая разница в сторону
C. acidaminovorans - по изолейцину: 2,43% . Наибольшая разница в сторону
E. coli - по аланину: 3% .Это самые значительные расхождения
по частотам встречаемости аминокислотных остатков в протеоме.
Остатки селеноцистеина при подсчете игнорировались.
Протеомы организмов были получены из раздела Proteomes базы данных UniProt
в формате fasta. Для подсчета количества аминокислот использована программа wordcount.
Затем полученные данные были обработаны в Excel.
Ссылка на таблицу Excel