На рисунке 1 (слева) показано исходное дерево, на рисунке 2 (справа) - дерево, укорененное в среднюю точку с помощью пакета PHYLIP.
Рисунок 1 (слева). Исходное дерево, построенное JalView (метод Neighbor-Joining using % identity).
Рисунок 2 (справа). Дерево, укорененное в среднюю точку.
Укоренение произошло в ветвь, отделяющую {AGRRK, RHIEC} от остальных бактерий. Это укоренение можно считать правильным, потому что в эту же ветвь укоренено дерево, полученное из общего дерева бактерий (см. практикум 1). Такое укоренение поддерживается и таксономией, так как данная ветвь разделяет альфапротеобактерий и остальных протеобактерий.