Практикум 6

Позиционная весовая матрица

Поиск сигнала core sequence (CS) в геноме коронавируса

Для выполнения этого задания я выбрал альфа-коронавирус Human Coronavirus NL63 и извлёк апстримные участки перед генами с помощью скрипта на Python. Я взял 100 нуклеотидов перед каждым поздним геном и 200 нуклеотидов перед геном полипротеина. С помощью сервиса MEME я нашёл 1 мотив с удовлетворительным E-value (4.4e-10), выдачу MEME можно посмотреть здесь . Найденный мотив имеет консервативный участок из 7-и нуклеотидов ACTAAAC, что очень похоже на core sequence, найдённую в геноме бетакоронавирусов [1].