Цель задания - получить представление о Банках Данных Swiss-Prot и TrEMBL. Моя задача заключалась в выборе информации о белке SYH_ECOLI по определённым критериям. Таблица, составленная на основе результатов работы с банком данных Swiss-Prot приведена ниже. Кроме того, в таблице присутствуют метки полей записи банка SwissProt.
| Метка поля | Содержание | |
| Код доступа ("Accession number") | AC | P60906; P04804. |
| Идентификатор последовательности в БД | ID | SYH_ECOLI. |
| Название (краткое описание) белка | DE | Histidyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.21) (Histidine--tRNA ligase). |
| Дата создания документа | DT | 13 августа 1987г. |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 7 февраля 2006г. |
| Название организма | OS | Escherichia coli. |
| Полное название таксона | OC | Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;OC Enterobacteriaceae; Escherichia. |
| Длина последовательности | SQ | 423 AA. |
| Молекулярная масса белка | SQ | 46898 MW. |
| Число публикаций, использованных при создании документа | RN | 6. |
| Название журнала с самой свежей публикацией | RL | Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. |
| Описание вторичной структуры | FT | Описание есть, содержит локации альфа-спиралей, бета-листов и бета-изгибов. |
| Что содержит поле комментариев? | CC | Функцию белка и схему реакции, в которой он участвует; внутриклеточную локализации; принадлежность к определённой группе белков(the class-II aminoacyl-tRNA synthetase family). Авторские права UniProt Consortium. |
| Какие особенности последовательности указаны? | FT | Локация альфа-спиралей, бета-листов и бета-изгибов. |
| Идентификаторы записей PDB | DR | 1HTT,1KMM,1KMN. |
Во второй таблице приведены результаты поиска документов в Банке Данных UniProt, содержащих информацию о белках с тем же кратким описанием , что и белок SYH_ECOLI.
| Запрос | Число документов в SwissProt | Число документов в TrEMBL |
| Histidyl-tRNA synthetase (EC 6.1.1.21) (Histidine--tRNA ligase) | 241 | 2 |
| Histidyl-tRNA synthetase | 254 | 202 |
| EC 6.1.1.21 | 254 | 173 |
| Histidine-tRNA ligase | 254 | 36 |
| На главную страницу семестра |